Радикальная группировка цюрихского реформатора продолжала преследовать цель создания реформатской Конфедерации, в том числе и ценой возобновления войны, хотя после неудачи «марбургского религиозного собеседования» это происходило бы без перспективы более широкой поддержки в империи со стороны лютеран. При этом внутри Цюриха решения все в большей степени принимал Большой совет, который в свою очередь созывал все больше специальных комиссий. К неудовольствию умеренных кругов, эти тщательно подобранные органы проголосовали за вооруженный конфликт. В течение 1531 г. в результате такой внутренней поляризации был утрачен консенсус, преобладавший прежде в правящем слое Цюриха, и инициатива все больше переходила к пяти кантонам. Их быстрое продвижение застало врасплох город на Лиммате, войска которого 11 октября 1531 г. потерпели поражение при Каппеле. В числе более чем 500 павших был и Цвингли. Заключенный вскоре после этого мирный договор хотя и полностью изменил соотношение сил, но в целом оказался не особенно жестким. Сохранялся принцип, согласно которому каждый кантон определял вероисповедание, имеющее силу на его территории. Правда, на совместно управляемых территориях теперь оказывали предпочтение приверженцам прежней веры. Католическое меньшинство могло даже поставить вопрос о разделении общины. К тому же были аннулированы особые конфессиональные союзы реформатской стороны, а на Цюрих возложили бремя возмещения военных расходов. Тем самым объемы недвижимости, а также линии фронтов были на долгое время закреплены.
Ситуация в Гларусе и Аппенцелле сделала необходимыми более дифференцированные решения. В Гларусе, где ни одна сторона не смогла завоевать главенствующего положения, сформировалась сложная система, гарантировавшая обеим конфессиям их точно определенное участие в должностных структурах и, кроме того, собственные ведомства. Так как процент католического населения впоследствии снижался, прежде всего именно оно извлекало выгоду из паритета, урегулированного в пяти государственных договорах, заключенных с 1532 по 1683 г. Если таким образом, несмотря на часто возникавшие напряжения, удалось избежать раздела страны, то он стал неминуемым в Аппенцелле в 1597 г. Однако и после этого и католический Аппенцелль Иннерроден, и реформатский Аппенцелль Ауссерроден по-прежнему имели на тагзатцунге один общий голос.