В короткий срок в помещениях центра были оборудованы учебные классы для тактической, огневой и специальной подготовки, изучения армий и флотов вероятного противника. Был создан городок воздушно-десантной подготовки.
Самое серьезное внимание при обучении в центре уделялось физической подготовке. Она проводилась в течение все шестидневной учебной неделе. Ежедневно — гимнастика и упражнения на специальных снарядах, ускоренное передвижение и преодоление препятствий, рукопашный бой, плавание, комплексные упражнения. Кроме плановых занятий по физической подготовке ежедневно проводилась 50 — минутная утренняя физическая зарядка, а по воскресеньям в плане спортивно — массовой работы — кроссы на 3000 метров, марш — броски на 6 и 10 километров.
В прикладном порядке гимнастику и упражнения на специальных снарядах проводили в ходе наземной отработке элементов прыжка с парашютом, в ходе прыжков — при предпрыжковой подготовке, а ускоренное передвижение и преодоление препятствий — на занятиях по тактической и разведывательной подготовке, а также в ходе учений.
В летнее время с июня по сентябрь включительно, ежедневно проводились занятия по плаванию. В ходе шлюпочной подготовки занимались греблей на шестивесельных ялах. Оценка на экзамене по физической подготовке выводилась как средний балл гимнастики, ускоренного передвижения, рукопашного боя, плавания и преодоления препятствий.
Каждый обучавшийся в учебном центре, допущенный специальной медицинской комиссией к прыжкам с парашютом, после окончания курса теоретической и наземной подготовки (для этого в центре имелся воздушно-десантный комплекс) выполнял парашютные прыжки с транспортных самолётов и вертолётов. Из 8-10 прыжков с парашютом, выполнявшийся каждым обучающимся, первые 4–5 прыжков совершались с легкомоторных самолётов, остальные 4–5 — с тяжелых скоростных транспортных самолётов и вертолётов на скорости 300–500 км/час и с высоты 1000 метров.
Большое внимание в центре уделялось военно-патриотическому воспитанию. В том числе, в рамках мероприятий по патриотическому воспитанию личного состава на небольшом островке в Казачьей бухте, напротив территории центра (остров Святого Климента), силами личного состава был воздвигнут памятник первому морскому десанту на ЧФ в годы Великой Отечественной войны (22 сентября 1941 года, в посёлок Григорьевка под Одессой). Автором и скульптором его был военнослужащий постоянного состава центра матрос Карлен Калантарян, окончивший перед призывом на флот Ереванское художественно — промышленное училище. В дальнейшем этот памятник, был зарегистрирован Обществом охраны памятников истории и культуры Украинской ССР.
После окончания учёбы от курсантов и слушателей принимались экзамены по тактической, разведывательной, огневой, физической, специальной подготовкам и уставам Вооружённых Сил.
Для приема экзаменов создавалась экзаменационная комиссия во главе с начальником береговых войск Черноморского Флота или его заместителем.
Акты с индивидуальными оценками обучаемых по всем видам подготовки высылались в управление боевой подготовки ВМФ, в отделы и управления боевой подготовки флотов.
Всем прошедшим обучение в центре, после его окончания выдавались характеристики и рекомендации по их дальнейшему служебному предназначению, а офицерам и прапорщикам высылались в части служебные характеристики для приобщения в личное дело, что учитывалось при рассмотрении вопроса о назначении на должность. Все эти меры в значительной мере стимулировали обучение и борьбу за высокую успеваемость.
Тем, кто проходил в центре учебные сборы и по их итогам получал оценку «отлично», выдавались удостоверения с красной ледериновой обложкой, с хорошими оценками — с синей обложкой, с удовлетворительными — с серой обложкой. Матросам, окончившим с отличием присваивались звания сержантов, на «хорошо» — младших сержантов, с удовлетворительными отметками — старших матросов.
Занятия по специальным видам подготовки проводились с использованием самолетов, вертолетов, кораблей, подводных лодок, ракетных катеров КЧФ. Использовались учебные поля и полигоны морской пехоты.
Одной из наиболее сложных задач обучения в сжатые сроки являлась воздушно-десантная подготовка. Ее теоретическая часть осуществлялась в центре, а практическая закреплялась прыжками с транспортных самолетов и вертолетов в районе аэродрома Кача. Руководителями в разные годы были офицеры Степанов А. Н., Петренко И.В., Симонов В.В., Мартынов Е. Е., Кортков В. Н. Эти задачи успешно решались.
Не менее значимой являлась подготовка водолазов, которая проводилась на базе водолазной школы Черноморского флота в бухте Карантинная и затем проверялась на специальных учениях.
После распада СССР, в 1994–1996 годах 299-й учебный центр находился в подчинении командира 810-й отдельной бригады морской пехоты Черноморского флота, выполняя функции бригадной сержантской школы.