Папа Гонорий умер в 1227 году. Его преемник Григорий IX, уже старик, продолжал дело своего предшественника. «Не тщись, – писал он Фридриху вскоре после восшествия на Святой престол, – ставить свой разум, каковой роднит тебя с ангелами, ниже своих чувств, каковые роднят тебя с тварями земными и с растениями». Императору, чье распутство быстро становилось притчей во языцех, подобные поучения были назойливым укором. К тому времени Крестовый поход набрал силу. Молодые немецкие рыцари массово стекались в Апулию – они двигались к императору через Альпы и по паломническому пути через всю Италию, откуда корабли должны были доставить войско в Святую землю. Но августовский апулийский зной обернулся эпидемией – возможно, тифа или холеры; болезнь неумолимо выкашивала ряды крестоносцев. В итоге и сам Фридрих пал жертвой смертоносного вируса. Он все-таки отплыл из Бриндизи, но через день или два спустя понял, что слишком болен, чтобы продолжать путь. Император отправил выживших крестоносцев вперед, готовить плацдарм для высадки, а сам вернулся в Италию, пообещав присоединиться к ним, когда поправится, но не позднее мая 1228 года. Одновременно отослали гонца в Рим, чтобы объяснить ситуацию папе.
Григорий, однако, отказался принять этого гонца. Вместо того он в яростной энциклике обвинил императора в том, что тот дерзко пренебрегает священной клятвой. Разве не сам он, после многократных отсрочек, назначил дату отплытия? Неужели он не предвидел, что, когда на берегу скопятся тысячи воинов и паломников, зараза в летнюю жару неизбежна? И кто может подтвердить, что император в самом деле заболел? Не исключено, что это лишь очередная попытка увильнуть от исполнения своего долга. 29 сентября папа отлучил Фридриха от церкви.
Тем самым он породил для себя новую проблему. Было очевидно, что человек, отлученный от церкви, не может возглавлять крестоносцев, – а Фридрих на меньшее не соглашался. Вышло в итоге, что папа изрядно переоценил свою власть. Фридрих обратился с открытым письмом ко всем, кто принял крест, объяснил свое положение спокойно и разумно, подавая вдобавок пример его святейшеству касательно тона и манеры изъясняться. И письмо подействовало. Когда в пасхальное воскресенье 1228 года Григорий начал проповедь с нападок на императора, римские прихожане возмутились; папу изгнали из Вечного города, и ему пришлось искать убежища в Витербо. Оттуда он продолжил обличать Фридриха, но, поскольку всего несколько месяцев он отчаянно призывал императора выступить в Крестовый поход, теперь Григорий очутился в достаточно нелепом положении, будучи вынужден требовать отказа от похода; он сознавал, что, если император вернется из Палестины победителем, папскому авторитету будет нанесен удар, оправиться от которого будет не так просто.
Историю Крестового похода Фридриха можно изложить здесь вкратце. Былая империя Саладина теперь находилась в руках трех братьев из его собственной династии Аюбидов; один из братьев, султан Египта аль-Камиль, узнав о скором прибытии Фридриха, направил императору такое предложение: если император свергнет его брата аль-Муаззама с трона в Дамаске, он, аль-Камиль, сможет отдать Фридриху утраченную территорию Иерусалимского королевства. Позднее пришла весть о смерти аль-Муаззама, и вполне могло быть так, что энтузиазм аль-Камиля несколько иссяк; но Фридрих располагал чем-то вроде козыря и был полон решимости использовать этот козырь. По прибытии в Тир в конце 1228 года он отправил посольство к аль-Камилю, который постепенно присваивал земли своего покойного брата и глубоко сожалел о своем обращении к правителю неверных. Послы напомнили султану, что император приплыл сюда исключительно по его приглашению; теперь, когда весь мир знает, что он здесь, разве может Фридрих уйти с пустыми руками? Подобная потеря лица может оказаться роковой, а аль-Камиль никогда не найдет себе нового союзника среди христиан. Что касается Иерусалима, ныне это малозначимый город, беззащитный и в значительной степени опустошенный; даже с религиозной точки зрения он гораздо менее важен для ислама, чем был когда-то для христианства. Разумно поэтому уступить город в качестве жеста доброй воли – и обеспечить этой малой ценой мир между мусульманами и христианами (а также гарантировать немедленное отбытие Фридриха).