Однако в связи с последовавшей вскоре ликвидацией УСС его берлинская опергруппа уже 1 октября 1945 года была переподчинена Департаменту стратегической служба (ДСС), то есть военной разведке Министерства обороны США, и стала официально именоваться Берлинской оперативной базой (БОБ). После образования ЦРУ в октябре 1947 года БОБ была передана новому разведывательному ведомству. Но и помимо нее на территории как Западного Берлина, так и западных оккупационных зон Германии действовали многочисленные подразделения американской военной разведки и контрразведки.
Разведывательные органы имелись также и при штабах оккупационных войск Британской империи (английских, канадских, австралийских, парашютной бригады еврейской общины Палестины, где помимо британских разведчиков действовали также и резиденты Хагана — нелегальной сионистской военной организации Палестины) и Франции.
БОБ США (имевшая первоначально в своем составе разведывательный и контрразведывательный отделы) занималась сбором информации о политических и социальных процессах как в своей собственной оккупационной зоне, так и на территории западных союзников, а также — в первую очередь — на территории советской оккупационной зоны.
Начав развертывание оперативной работы с традиционных разведывательных опросов, БОБ уже с осени 1945 года стала вербовать регулярных информаторов из числа немцев и граждан других государств, стремясь к установлению разведывательных контактов как с офицерами СВАГ, так и с командирами и офицерами РККА.
Как отмечал впоследствии Дэвид Мерфи, один из ветеранов американских спецслужб, работавший в Берлине с 1946 года, германская линия в УСС после окончания войны в Европе была самой представительной, а БОБ являлась его крупнейшим зарубежным подразделением.
Упоминавшаяся уже ранее известная Фултонская речь бывшего британского премьера Уинстона Черчилля, в которой он призвал дать совместный англо-американский отпор «советским притязаниям на Европу», самым непосредственным образом сказалась как на отношениях между бывшими союзниками, так и на задачах, стратегии, содержании, масштабах и напряженности разведывательного противоборства, на оперативной и политической обстановке во всем мире, включая, разумеется, и Германию.
Первой масштабной операцией БОБ в 1946 году стала операция «Грааль» по сбору разведывательных данных о советских воинских частях: в ней было задействовано более двухсот пятидесяти агентов из числа немцев. Правда, осенью того же года все они были арестованы органами МГБ СССР. Как отмечал Мерфи, впоследствии, в октябре 1955 года, после установления дипломатических отношений с ФРГ, советское правительство в порядке жеста доброй воли освободило многих агентов БОБ, осужденных советскими военными судами в Германии в 1947–1953 годах.
Главным отличием БОБ являлось то, что помимо информации военного характера ее сотрудникам было поручено добывать также и сведения из области экономики, политики и науки.
Контрразведывательный отдел БОБ (Х-2) пытался, кроме того, вести оперативные разработки советских разведывательных органов через их выявленных и перевербованных агентов. Однако, по признанию Дана Дюранда, возглавлявшего БОБ в 1946–1949 годах, ему так и не удалось завербовать ни одного советского разведчика.
Интересна также оценка, данная Мерфи советским органам госбезопасности: «Лишь немногие американские контрразведчики в Германии были знакомы с советской разведкой и службой безопасности; ее сотрудники были гораздо лучше подготовленными и дисциплинированными, чем в любой из германских разведок во время войны… Советские разведчики старательно обходили ловушки американцев, и последние наконец-то поняли, сколь высок их уровень профессионализма во всех разведывательных хитростях: подготовке явок, кличек, „уток“, а также снабжении агента минимальной, то есть нулевой, информацией о себе, своих коллегах и своем штабе».
Еще одной разведывательной службой, активно действовавшей в западных оккупационных зонах Германии, являлась группа «Незаменимые», известная также как Организация Гелена. Генерал-лейтенант вермахта Рейнхард Гелен с апреля 1942 года возглавлял 12-е управление Генерального штаба — «Иностранные армии Востока», головной орган гитлеровской военной разведки. Двадцать второго мая 1945 года Гелен вместе с несколькими своими подчиненными сдался в плен американцам и предложил им свои услуги в организации разведывательной работы против Советского Союза. Для обсуждения этого предложения, явно шедшего в разрез с союзническими договоренностями между США и СССР, в августе 1945 года Гелен был доставлен в Вашингтон, а в июле следующего года приступил в Германии к формированию собственной разведывательной организации, щедро финансируемой американцами.