Помимо перечисленных отделов в штат Пятого управления входили также секретариат, финансовый отдел, группа кадров и группа мобилизационной работы. Первоначально общая численность нового подразделения, согласно Приказу председателя КГБ при Совете министров СССР № 0096 от 27 июля 1967 года, составляла 201 человек. Куратором Пятого управления КГБ по линии руководства Комитета стал первый заместитель председателя С. К. Цвигун (с 1971 года — В. М. Чебриков).
Начальниками управления за период его существования были: А. Ф. Кадышев, Ф. Д. Бобков (с 23 мая 1969 по 18 января 1983 года, когда он стал первым заместителем председателя КГБ), И. П. Абрамов, Е. Ф. Иванов (впоследствии назначенный первым начальником созданного 13 августа 1989 года управления «3» — Защиты советского конституционного строя), В. П. Воротников.
В августе 1969 года был образован Седьмой отдел, которому были переданы из Пятого отдела функции выявления и розыска авторов анонимных антисоветских документов, содержащих угрозы террористического характера, а также оперативной разработки и предупреждения враждебной деятельности лиц, вынашивавших террористические намерения.
В июне 1973 года был образован Восьмой отдел по борьбе с подрывной деятельностью зарубежных сионистских центров, а в следующем году — Девятый отдел, на который была возложена оперативная разработка антисоветских группировок, имеющих связи с зарубежными центрами по осуществлению идеологических диверсий.
Задачами созданного в мае 1974 года Десятого отдела Пятого управления являлось «проведение контрразведывательных мероприятий (совместно с ПГУ) против центров идеологических диверсий империалистических государств и зарубежных антисоветских организаций» с целью выявления их планов и замыслов и осуществлением мероприятий по пресечению и нейтрализации их деятельности.
В июне 1977 года, в преддверии Олимпиады-80, был учрежден Одиннадцатый отдел, призванный осуществлять «оперативно-чекистские мероприятия по срыву идеологических акций противника и разоблачению враждебных элементов в период подготовки и проведения летних Олимпийских игр в Москве». Подразделение это тесно контактировало с Одиннадцатым отделом ВГУ, также занимавшимся вопросами предупреждения акций международного терроризма.
Двенадцатая группа управления (на правах самостоятельного отдела) обеспечивала координацию работы с «органами безопасности друзей», как именовались спецслужбы социалистических государств.
В феврале 1982 года был образован Тринадцатый отдел — для выявления и пресечения «негативных процессов, имеющих тенденцию к перерастанию в политически вредные проявления». В числе прочего он занимался изучением нездоровых молодежных формирований — мистических, оккультных, профашистских, держал под контролем рокеров, панков, футбольных фанатов и им подобных. Также на отдел возлагалась задача обеспечения безопасности проведения массовых общественных мероприятий в Москве — фестивалей, форумов, разного рода конгрессов, симпозиумов и так далее.
Образованный тогда же Четырнадцатый отдел управления занимался предотвращением идеологических диверсий в среде журналистов, сотрудников СМИ, общественно-политических организаций.
В связи с образованием новых отделов штат Пятого управления к 1982 году увеличился до четырехсот двадцати четырех человек.
Всего же, как вспоминал Ф. Д. Бобков, по «пятой линии» (линии деятельности Пятого управления) в КГБ служило две с половиной тысячи сотрудников. Оптимальным был и агентурный аппарат, в среднем на область приходилось двести агентов.
С образованием Пятого управления КГБ при Совете министров СССР приказом председателя были запрещены все аресты и привлечения к уголовной ответственности по статье 70 УК РСФСР (антисоветская агитация и пропаганда) территориальными органами госбезопасности без санкции нового управления.
Сотрудников КГБ нередко упрекают в том, что, преследуя диссидентов за инакомыслие, они в числе прочего якобы ущемляли их права на собственное мнение, свободу его выражения и распространения информации.
Следует, однако, заметить, что свобода слова и распространения информации, вопреки широко распространенному, но ошибочному, мнению, отнюдь не безграничны.
Так, часть 3 статьи 19 Международного пакта о гражданских и политических правах, ратифицированного Президиумом Верховного Совета СССР 18 сентября 1973 года, устанавливает, что пользование правом на свободу слова «налагает особые обязанности и особую ответственность. Оно может быть, следовательно, сопряжено с такими ограничениями, которые, однако, должны быть установлены законом и являться необходимыми:
а) для уважения и репутации других лиц;
б) для охраны государственной безопасности, общественного порядка, здоровья или нравственности населения».