1 января 1919 года постановлением ВЧК и Революционного Военного Совета Республики (Реввоенсовет) вместо Военного отдела ВЧК и отдела Военного контроля Реввоенсовета, в составе ВЧК был создан Особый отдел, входивший организационно в состав ВЧК, но выполнявший, так же и задания Реввоенсовета.
На фронтах и в армиях взамен существовавших органов ранее армейских и фронтовых ЧК и Военного контроля были созданы в течение января 1919 Особые отделы ВЧК, возглавившие всю борьбу с контрреволюцией и шпионажем в армии.
Часть 6. Деятельность ВЧК после объявления режима "Красного террора" в сентябре-декабре 1918 года
Произошедшие 30 августа 1918, покушение на Ленина и убийство председателя Петроградской ЧК Урицкого, привело к введению на территории Советской России режима так называемого "Красного террора".
Законодательно "Красный террор" был введён вечером 2 сентября 1918, на заседании Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета (ВЦИК), когда по докладу Свердлова о покушении на В. И. Ленина, было принято следующее решение "ВЦИК дает торжественное предостережение всем холопам российской и союзнической буржуазии, предупреждая их, что за каждое покушение на деятелей Советской власти и носителей идей социалистической революции будут отвечать все контрреволюционеры и все вдохновители их. На белый террор врагов рабочее — крестьянской власти рабочие и крестьяне ответят массовым красным террором против буржуазии и ее агентов".
Роль ВЧК в режиме красного террора была определена 5 сентября 1918, на заседании Совета Народных Комиссаров, где был заслушан доклад Ф. Э. Дзержинского о деятельности ВЧК в новых условиях. По докладу Дзержинского было принято решение, ставшее основным директивным документом в деятельности всех чрезвычайных комиссий: "Совет Народных Комиссаров, заслушав доклад председателя Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией о деятельности этой комиссии, находит, что при данной ситуации обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью". В этом решении ВЧК было предложено создать для противников Советской власти концентрационные лагеря, а всех лиц, причастных к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам, расстреливать с опубликованием в печати имен расстрелянных и основания применения к ним этой меры.
После этого началось приспособления деятельности как центрального аппарата ВЧК, так и ее местных органов к деятельности в условиях режима красного террора. В связи с этим 10 сентября 1918 Ф. Э. Дзержинский подписал новую инструкцию о губернских и уездных чрезвычайных комиссиях. Особое внимание в ней уделялось необходимости установления самой тесной связи чрезвычайных комиссий с партийными организациями, а также контролю за деятельностью ЧК со стороны партийных комитетов. В связи с этим в этой инструкции указывалось следующее: "В своей работе Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлением по должности должна опираться на местные комитеты партии коммунистов". Для усиления взаимодействия местных ЧК с местными партийными органами при каждой ЧК создавали контрольную коллегию из двух представителей партийной организации и одного представителя данной чрезвычайной комиссии.
В целях обеспечения правильного подбора руководящих кадров губернских ЧК, в центральном аппарате ВЧК решили совместно с губернскими партийными организациями провести партийную аттестацию председателей губернских ЧК.
В ходе продолжения своей розыскной деятельности в условиях режима красного террора, в сентябре-ноябре 1918, ВЧК ликвидировала в Москве целый ряд подпольных контрреволюционных офицерских организаций, а именно "Сокольническую военную организацию", "Орден романовцев", "Объединенную офицерскую организацию" и ряд других.
Все эти контрреволюционные организации имели широко разветвленный разведывательный аппарат. У них были свои агенты в таких советских учреждениях, как Центральное управление по делам пленных и беженцев (Центропленбеж), Красный крест, Всероссийский Совет Народного Хозяйства. Местные ЧК в этот же период разоблачили и ликвидировали контрреволюционные заговоры в Рязани, Костроме, Вышнем Волочке, Велиже, Борисоглебске и ряде других городов.
В результате уже в первые месяцы осуществления политики красного террора часть контрреволюционных организаций вынуждена была временно прекратить свою деятельность. Некоторые организации распались в силу того, что многие их руководители и члены во избежание разоблачения постарались скрыться из крупных городов.
Часть 7. Окончательное оформление структуры ВЧК и её местных органов 26 ноября 1918 года в ходе работы "Второй конференции работников Чрезвычайных комиссий"