В связи со всеми этими фактами вопрос о передачи функций военной контрразведки в ВЧК, был поставлен еще в июне 1918 года на 1-й Всероссийской конференции ЧК. Как, отмечалось в одной из резолюций конференции: "Цель буржуазии — разложить нашу армию, использовать ее в своих интересах, и нам, как органу политической борьбы, необходимо взять на себя работу по защите армии от контрреволюции".
Спустя несколько дней после подавления мятежа Муравьёва на Восточном фронте 16 июля 1918, по инициативе В. И. Ленина была создана Чрезвычайная комиссия Восточного фронта во главе с М. Я. Лацисом.
В сферу действий этой Чрезвычайной комиссии Восточного фронта входили: Пермская, Вятская, Казанская, Симбирская, Самарская, Саратовская, Уфимская, Оренбургская губернии и Арзамасский уезд Нижегородской губернии. Чрезвычайные комиссии этих губерний были подчинены ЧК Восточного фронта.
Ровно через месяц после своего создания ЧК Восточного фронта раскрыла серьезный заговор в 4-й армии. В заговоре принимали участие дежурный офицер штаба 4-й армии Буренин, начальник кавалерийского полка Уральской дивизии Бредихин. Они установили связь с белыми казаками, передавали им оперативные документы и готовили переход некоторых частей на сторону белогвардейцев. В ночь на 18 августа 1918, заговор был ликвидирован.
В сентябре-октябре 1918, фронтовые и армейские ЧК были созданы в составе всех фронтов и армий.
Для руководства фронтовыми и армейскими ЧК в сентябре 1918, в составе центрального аппарата ВЧК, был создан военный подотдел, руководителем которого назначен М. С. Кедров.
Спустя три месяца в декабре 1918, Военный контроль и Военный отдел ВЧК были объединены в Особый отдел ВЧК, под руководством М. С. Кедрова.
После занятия должности начальника Особого отдела ВЧК — 1 января 1919 года Кедров издал приказ, котором предписывалось объединить во фронтах и армиях органы Военного контроля и фронтовые и армейские ЧК и таким образом образовать Особые отделы фронтов, армий, военных округов.