Строительство пограничных ЧК проходило в ожесточенной борьбе с левыми эсерами, проникшими в аппарат погранохраны Таможенного ведомства и провоцировавшими столкновения с немецкими войсками. В результате мер, принятых ВЧК, левые эсеры были изгнаны из таможенных учреждений, что значительно способствовало улучшению не только экономической, но и политической охраны границ.
Конференция признала необходимость придать ПЧК военную силу в виде вооруженных отрядов из состава корпуса ВЧК, уточнить границы округов, участков и пунктов пограничной полосы, ввести строгую централизацию в управлении пограничными чрезвычайными комиссиями.
Организационное укрепление пограничных чрезвычайных комиссий имело серьезное значение в борьбе с контрреволюцией в западных и северо-западных районах страны, особенное агентурой кайзеровской Германии.
Часть 5. Передача ВЧК во второй половине 1918 года всех функций военной контрразведки
Использование ряда красноармейских частей при организации мятежа в Ярославле и последовавший затем мятеж командующего Восточным фронтом Муравьёва, остро поставил вопрос о ненадежности "Военного контроля" — бывшей военной контрразведки царской армии, а затем армии Временного правительства, в ходе разворачивающейся Гражданской войны, а значит и о необходимости передачи функций военной контрразведки в ведение ВЧК.
Среди сотрудников "Военного контроля" значительную прослойку составляли военные контрразведчики старой царской армии и армии периода власти Временного правительства. По своему социальному происхождению, образу мыслей, личным связям эти сотрудники органов Военного контроля были ближе к служившим в Красной Армии бывшим офицерам старой армии, чем к красноармейской массе и командирам — выходцам из рабочих и крестьян. Таким образом, органы Военного контроля не всегда могли успешно бороться с контрреволюцией, проникавшей в ряды Красной Армии.
Впрочем, советский историк П. Г. Софинов, считал "Военный контроль", одним из источников контрреволюции в тогдашней Красной Армии, вот что он писал об этом в своей монографии "Очерки истории Всероссийской Чрезвычайной Комиссии (1917–1922 гг.) — М.: "Политиздат", 1960: "Как отмечалось выше, первая фронтовая чрезвычайная комиссия была создана на Восточном фронте еще в июле 1918 года. Тогда же ВЧК разработала специальную инструкцию о создании аналогичных комиссий во всех фронтах и армиях. Однако в результате противодействия Троцкого организация фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий проходила крайне медленно. Между тем уже в первых боях с белогвардейцами обнаружились факты измены и предательства со стороны части бывших офицеров, занимавших командные посты в Красной Армии. Так, например, полковник Махин без боя сдал белым Уфу, Носович и Ковалевский готовили сдачу белоказакам Царицына, главком Муравьев изменил Советской власти на Восточном фронте и т. д. Советское правительство не могло отказаться от использования старых военных специалистов. Однако привлечение их необходимо было организовать таким образом, чтобы пресекать в самом начале преступные замыслы контрреволюционных элементов. Необходимо было также оградить Красную Армию от проникновения в нее шпионов противника. Именно эту цель преследовала чрезвычайная комиссия Восточного фронта и чрезвычайные комиссии, созданные ВЧК на других фронтах.
Фронтовые и армейские ЧК на тот момент не являлись единственными органами, перед которыми была поставлена задача борьбы с подрывной работой в армии. В мае 1918, для борьбы со шпионажем в системе военного ведомства был создан так называемый "Военный контроль" с отделениями во всех крупнейших стратегических пунктах и на фронтах. Это был громоздкий и неповоротливый аппарат. Но главный порок заключался в том, что большинство его работников не внушало никакого политического доверия. По указанию Троцкого, аппарат Военконтроля комплектовался из так называемых "опытных людей". Это были по преимуществу бывшие офицеры, ненавидевшие Советскую власть. Получалась нелепая картина: оружие борьбы со шпионажем в армии оказалось в руках противников Советской власти. Дело дошло до того, что во главе Военконтроля одно время стоял анархист Бирзе, разоблаченный как соучастник контрреволюционного заговора Бориса Савинкова.
На Восточном фронте Военконтроль возглавлял некий Файерман, еще в 1917 году, привлекавшийся советскими органами к ответственности за взяточничество и расхищение народного достояния. Подчиненный ему аппарат не только не боролся против белогвардейского шпионажа, а, наоборот, работал на белых. Когда пала Казань и Симбирск, большинство сотрудников Военконтроля Восточного фронта перешло на сторону белогвардейцев. Бывшие уполномоченные Военконтроля Восточного фронта Величко, Дугин и другие стали выдавать коммунистов и советских работников Казани на расправу чехословацким мятежникам.