Вот как эти события были описаны в книге П. Г. Софинова Очерки истории Всероссийской Чрезвычайной Комиссии (1917–1922 гг.): "Троцкисты сознательно затрудняли работу чрезвычайных комиссий. В этом отношении характерен такой эпизод. Комиссия Совета Обороны в составе И. В. Сталина и Ф. Э. Дзержинского возвращалась из Вятки в Москву. В Ярославле, где должен был остановиться поезд, с нетерпением ожидали прибытия комиссии.
Ярославль только полгода назад был ареной ожесточенных боев с белогвардейскими мятежниками. И теперь местная чрезвычайная комиссия вновь получила в свое распоряжение данные о существовании в Ярославле контрреволюционного заговора. В заговоре принимали участие работники управлений военного округа и многие белогвардейские офицеры, скрывавшиеся в Ярославле.
Заговорщики вредительски комплектовали части Красной Армии, набирая в них антисоветски настроенные элементы из местного кулачества и ставя во главе частей белогвардейских офицеров. Такие части по прибытии в действующую армию должны были переходить к белым, оголяя фронт. В самом Ярославле заговорщики готовили контрреволюционное восстание, намечая поднять его в середине февраля или в начале марта.
Данные, добытые Ярославской губчека, были весьма серьезны, но, когда чекисты решили арестовать заговорщиков, комиссар военного округа категорически воспротивился этому и, ссылаясь на Троцкого, заявил, что он "не признает никаких штатских". И вот в это самое время председатель губчека М. И. Лебедев получил телеграмму: "Через полчаса на станцию прибывает поезд Комиссии Совета Обороны". Он немедленно отправился на вокзал. Когда Лебедев доложил об имевшихся в распоряжении губчека материалах, Ф. Э. Дзержинский вынул из кармана френча блокнот и тут же написал: "Поручается председателю Ярославской губернской чрезвычайной комиссии тов. Лебедеву в срочном порядке докончить расследованием дело штаба Ярославского военного округа и немедленно приступить к ликвидации такового. Комиссия Совета Обороны"
Опираясь на это предписание, Ярославская ЧК арестовала и расстреляла главарей заговора. Узнав о расстреле своих ставленников, Троцкий потребовал привлечения ярославских чекистов к ответственности. Он пытался предать их суду военного трибунала, и только личное вмешательство Ф. Э. Дзержинского положило конец этой травле.