В связи с этим конференция признала необходимым, чтобы ВЧК включила в сферу своей деятельности всю железнодорожную сеть, а на границах создала пограничные чрезвычайные комиссии. Не подменяя таможенные учреждения Народного комиссариата финансов, пограничные ЧК должны были организовать борьбу со шпионами, контрабандистами и спекулянтами.
По вопросу о войсках ВЧК конференцией по инициативе Д. Г. Евсеева было принято решение о создании "Корпуса войск ВЧК". Этот корпус должен формироваться, по мнению конференции, из хорошо дисциплинированных, и проверенных людей. "Его можно составить исключительно из пролетарских элементов по рекомендации профсоюзов, партийных коллективов и фабрично-заводских организаций".
Корпус войск ВЧК предполагалось дислоцировать отдельными частями в наиболее важных в стратегическом отношении пунктах, где имелось скопление контрреволюционных сил, в том числе в крупных железнодорожных узлах, таможенных пунктах и т. д. Размещенный в различных районах страны Корпус войск ВЧК должен был в то же время являться единым боевым организмом и управляться специальным штабом.
Создание войск ВЧК, началось после подавления левоэсеровского мятежа в Москве, когда был разгромлен прежний левоэсеровский отряд ВЧК. В июле 1918, в Москве создается Отдельная рота ВЧК (командир — комендант ВЧК Я. М. Дабол). После этого началось создание отрядов войск ВЧК при всех губернских, фронтовых и крупных городских ЧК. К концу лета 1918, формирование Корпус войск ВЧК, объединившего все оперативно-боевые роты и отряды, созданные при местных ЧК, завершилось. Первым командующим войск ВЧК (начальником штаба войск ВЧК) был назначен Дмитрий Гаврилович Евсеев.