Макаров в 1718 году пишет Долгорукому: «Письма вашего сиятельства все исправно я получил… Что же изволили писать об оставших делах в Вашей канцелярии, о том я Его Царскому Величеству доносил, на что изволил сказать, что о тех делах решение будет тогда, когда Его Величество изволит возвратиться в Санкт-Петербург». Значит, Петр сам непосредственно входил в дела канцелярии.
К сожалению, следов об «асессорах» или «товарищах» Долгорукова не нашлось. В заключение можно прибавить, что уже в марте 1719 года канцелярии Долгорукова не существовало: в числе подьячих Тайной канцелярии был некто Русинов, взятый «от дел канцелярии князя Василья Долгорукова, которая раскасована». Этим исчерпываются наши сведения об этой канцелярии.
4. В делах Тайной канцелярии сохранились упоминания о «канцелярии ведомства господина Плещеева»: шли сношения с нею по поводу пожитков бывшего ростовского епископа-расстриги; кроме того, в реестре бумаг по делу царевича Алексея записано: «…письмо от господина Плещеева, что за взятые Лопухина пожитки вырученных денег от целовальников в канцелярию его ничего не отдано».
В 1718 году в Тайную канцелярию поступает дело по «донесению» Плещеева из «Канцелярии ведомства моего» (то есть собственно Плещеева); это дело о взятках майора Фуникова при приеме подрядов по обмундированию. Так как часть замешанных в это дело лиц сидела под караулом в Тайной канцелярии, то Плещеев счел нужным передать туда и все дело, у него имеющееся.
В письме на имя дьяка Тайной канцелярии Тимофея Палехина некто Петр (подпись не разобрана) пишет: «…из канцелярии ведомства полковника и от лейб-гвардии капитана поручика господина Плещеева послан был в описной дом, который описан по розыскным тайным делам окольничего… Собакина… дьяк Федор Сорокин»; найденные там цифирные письма были отправлены при этом письме Палехину. Это было в июне 1719 года. Таким образом, видно, что в канцелярии Плещеева состоял дьяк.
В 1720 году, в марте месяце, Макаров письмом к Плещееву передает мелкое распоряжение Петра по «интересному делу», бывшему в канцелярии ведения Плещеева — «в канцелярии вашей», как выражается Макаров.
В 1722 году Плещеев просит прислать ему содержащегося в Тайной канцелярии колодника Чюбарова «по обретающемуся в канцелярии ведомства моего раскольному делу». В этом же деле находим следующий указ Сената: «Указ Его Величества Императора и Самодержца всероссийского из Сената в Канцелярию Тайных Розыскных Дел. Июля 10-го дня нынешнего 1722 года в поданном в Сенат доношении герольдмейстера Плещеева написано: по Его Императорскому Величества указу ведал он раскольнические дела, а сего 1722 году мая 10-го дня по именному Императорскому Величеству указу определен он к герольдмейстерским делам, а о приеме у него раскольнических дел из Сената в Св. Прав. Синод ведение послано, и по тем делам колодников и поднесь у него не принято; и между теми делами касается важное дело до стольника Ивана Савельева сына Чюбарова, который содержится в Санкт-Петербурге в Тайной Канцелярии, о котором его Чюбарове деле известен Его Императорское Величество, и указал им Чюбаровым розыскивать, и чтоб оного Чюбарова дело поведено было принять в Сенат, или отослать в Тайную Канцелярию». Все вышеизложенные данные о канцелярии ведомства Плещеева позволяют нам установить факт ее существования в период с 1718 до 1722 года, когда она была ликвидирована с назначением Плещеева герольдмейстером. О способах работы и устройстве этой канцелярии мы можем только заключить, что в ней был по крайней мере дьяк. Предметом ведения канцелярии, очевидно, были «розыскные дела»; из них главные — дела раскольничьи; попадались и дела по первым двум пунктам (дело Чюбарова), были и дела по третьему пункту (дело Фуникова).
Таким образом, в 1719 году Матюшкин ставится по главе канцелярии, которая до этого времени была в ведении Кошелева; причем асессоры остаются прежние. При этом канцелярия изменила стиль работы: при Кошелеве царю подавался голый следственный материал, просто «выписки» по следствию; теперь же, очевидно, выносилось коллегиальное решение, приговор — «сентенца», и уже этот приговор — результат коллегиального обсуждения — представлялся на утверждение императору. В силу этого постепенно обычной в канцелярии Матюшкина становится такая форма: «1720 октября в 5 день, по указу великого государя… генерал майор и лейб-гвардии майор Михайло Афанасьевич Матюшкин с присутствующими лейб-гвардии обер-офицеры, слушав вышеписанную ведомость (или „выписку“, или „донесения“) приговорили…» Это изменение окончательно утвердилось, когда прежние обер-офицеры Языков и Иванов были отстранены от дел по доношениям обер-фискала Нестерова («указал Его Величество вместо их быть… в присутствии у тех дел капитану Александру Бредихину, капитану лейтенанту князю Алексею Шаховскому, ундер лейтенанту Алексею Захарину»).