Но наступила осень; лихорадочная, экстренная деятельность Тайной канцелярии мало-помалу стихала, Петр понемногу отдалялся от ее дел, и министры делались действительными ее руководителями. Но если Петр оказался от Тайной канцелярии в сравнительно большем отдалении, то, с другой стороны, он отнюдь не порвал с ней связи, которая перешла отныне в более устойчивые и определенные формы. Это случилось, вероятно, в октябре — ноябре 1718 года; уже 25 ноября кабинет-секретарь Макаров писал следующие тождественные письма, одно — П.А. Толстому, другое Ив. Ив. Бутурлину: «Государь мой милостивый! Понеже Его Величество для слушания розыскных дел Канцелярии Вашей изволил определить один день в неделе, а именно — понедельник и для того изволите о том быть известны». В этот день «министрам» предписывалось являться в Тайную канцелярию в 4 часа пополуночи; но в данную неделю, так как понедельник уже прошел, то «Его Царское Величество изволит к Вам быть для слушания дел завтра, то есть в четверток». Таким образом, как обычный и постоянный порядок, устанавливалось с ноября 1718 года, что раз в неделю, именно в понедельник, Петр лично бывал в Тайной канцелярии, где в присутствии всех «министров» выслушивал доклады и ставил резолюции. Трудно проследить, насколько аккуратны были эти появления; однако в делах постоянно встречаются указания на них. Есть пометы о присутствии Петра и в записных книгах Тайной канцелярии: например, в таком виде: «Его Царское Величество изволил быть своею высокою особою в Канцелярии Тайных Розыскных Дел и слушал дела».
«Слушание дел» Петром в Тайной канцелярии, по-видимому, обычно заключалось в докладе ему сырого материала следствия, на основании которого он и выносил свой приговор. Докладывались царю также уже готовые по делам экстракты, даже с заготовленным приговором, поставленным министрами Тайной канцелярии. Однако не всегда Тайная канцелярия решалась выносить приговоры: часто вопрос, «что чинить», оставлялся открытым до царского указа. Иногда приговоры не находили одобрения императора; в громадном же большинстве случаев они санкционировались. Позволяю себе привести некоторые характерные выдержки из одного до нас дошедшего такого экстракта. На одной стороне листа, видимо, обычно писались докладные пункты, а против них ставились, на другой стороне листа, резолюции; например: «…подьячему Калугину по тому с Курзанцевым делу, — писалось в экстракте, — за то, что он, Калугин, оное важное доношение велел списывать и держал у себя в доме многое время, а о том не доносил, определено приговором: кнутом и на 10 лет на каторгу»; против этого резолюция: «Бив кнутом и вырезав ноздри, послать на каторгу в вечную работу»; в данном случае приговор Тайной канцелярии был Петром несколько изменен; но это бывало сравнительно нечасто. По делу фискала Санина, например, состоялось определение об учинении ему смертной казни, и «оное утверждено собственною Его Величества высокою рукою тако: учинить по сему» (это было в 1723 году).
Иногда Петр клал свои резолюции собственноручно. Мы имеем один такой экстракт с личными пометами Петра; это — «экстракт» по «ревельскому адмиралтейскому делу», которое расследовалось Тайной канцелярией; дело это было «против третьего пункта», то есть о взятках и похищении казенного имущества. Петр помечал собственноручными надписями о роде наказания каждого преступника; кроме того, тут же Тайной канцелярией поставлен был ряд вопросов по разным сторонам этого розыска, и император своеручными резолюциями разрешал эти вопросы. Экстракт скреплен подписью Ушакова и занесен в указную книгу Тайной канцелярии; все это относится к 1720 году. К сожалению, нет возможности определить, сделал Петр резолюции во время одного из своих появлений в Тайной канцелярии или в другом месте, при других условиях.
Царь часто только выражал в разговоре свои мнения, которые уже после министры записывали в том или ином виде и поступали по ним, как по указам его царского величества.
В письме Палехину, дьяку Тайной канцелярии, Толстой, делая некоторые распоряжения, пишет между прочим, что колодника Костромитинова надо пытать, и до смерти можно, «ибо памятно, как царское величество изволил о нем говорить, когда изволил быть в Тайной Канцелярии».