При своих посещениях Тайной канцелярии Петр слушал экстракты по делам, в большинстве уже с приговорами, и его резолюции появлялись тут же, на полях экстракта, заносимые или руками министров, или царем собственноручно; кроме того, министры, видимо, подробно устно докладывали царю разные вопросы по розыскам, требовавшие разрешения их Петром; в разговорах по поводу таких докладов Петр давал указания о дальнейшем направлении дела, прекращал или продолжал розыск, давал директивы для приговоров. Иногда же Петр принимал участие и в самом процессе розыска-следования, если это вызывалось какими-либо обстоятельствами или особым интересом императора к делу. В 1718 году «известно царскому величеству учинилось», что архимандрит Тихвинский привез с собой в Петербург какую-то якобы чудотворную икону и тайно служит желающим перед ней молебны; тогда «декабря в седьмой день посылал Его Царское Величество к Тихвинскому архимандриту» гардемарина Каблукова, который должен был просить архимандрита пропеть ему молебен перед иконой; и, когда на другой день, в присутствии Каблукова, монах пел этот молебен, предупрежденный об этом Петр сам «изволил придти и образ Пресвятой Богородицы взять с собой и того архимандрита за караул» и «оного архимандрита и при нем служителей указал забрать; которые забраны и присланы в Канцелярию тайных розыскных дел; и указал Его Царское Величество» обо всем этом «исследовать и розыскивать в Канцелярии Тайных Розыскных Дел». Обвиняемые были спрашиваны «в присутствии в Канцелярии Тайных Розыскных Дел Его Царского Величества», и при Петре же один обвиняемый был спрашивай «в застенке с прешением». В том же 1718 году поляк Носович подал Петру донесение, по которому Петр велел вести следствие Тайной канцелярии и сам присутствовал на допросах: «и потом пред царским Величеством по вопросу он Носович никакой измены не показал». В 1723 году фузелер Марков сказал, что он только самому Петру объявит донос, и «того же ноября 3 дня при присутствии Его Императорского Величества вышеписанной же фузелер Дорофей Марков вторичным распросом показал».
Таков был прямой путь, которым император входил в дела Тайной канцелярии; однако инструкции Петра попадали в Тайную канцелярию и другими путями. Иногда дела докладывались Петру, когда он сидел в каком-нибудь другом учреждении. Вероятно, причинами такого порядка являлись удобство, неотложность дела, желание царя. «Его Императорское Величество, будучи в Канцелярии Вышнего Суда, изволил читать экстракты: 1) по новогородскому делу, 2) по вологоцкому: и указал Его Величество те дела решить по Уложению».
В 1723 году Петр дает указ по делам Тайной канцелярии (за скрепою Ушакова), «будучи в Зимнем Доме». Иногда экстракты Петр слушал и в Сенате, если сенаторы отказывались без него ставить приговоры, когда один из министров Тайной канцелярии «предлагал» какое-либо дело сенаторам. Гр. Скорняков-Писарев в письме к Ушакову говорит, между прочим, что он получил донесения по Тайной канцелярии, а «когда Его Величество в присутствии своем в Сенате изволит быть, то по оным доношениям Его Величеству я доложу».
Кроме того, очевидно, часть докладов и экстрактов Петр слушал просто где придется. В мае 1721 года Бутурлин пишет Толстому, бывшему при Петре, что посылает ему экстракты по Тайной канцелярии для доклада императору — «его царского величества доложить» и «какой будет указ и о прочем, что чинить прошу покорно вашего превосходительства ко мне отписать». В том же году, отвечая Ушакову, Толстой пишет из Риги о некоторых делах, что «по оным я его царскому величеству не доносил, а когда донесу и какая резолюция будет, о том не оставлю вас без известия».
В письме Толстому Бутурлин пишет 29 мая 1721 года, что он прилагает при письме «экстракт» по делам Тайной канцелярии, и прибавляет, чтобы «о чем надлежит» Толстой доложил Петру «и какой будет указ и о прочем что чинить» пусть Толстой ему напишет. В одном из писем Толстого того же года написано, что докладывал он царю и тот указал: «…в Тайную Канцелярию писать о архимандрите Гедеоне, чтоб о нем объявить… в Синоде… и когда с него то (сан) сымут, указал Его Величество накрепко его пытать».
Я позволю себе привести отрывок из переписки П. Толстого с А. Ушаковым в 1722 году, полно и ясно характеризующий, как происходили эти доклады дел министров Петру.