Надо заметить, что при содержании колодников тоже руководствовались «розыскными» целями. О здоровье колодников, по-видимому, заботились: и доктор Севальт, и лекарь Волкерс были постоянными врачами, лечившими колодников Тайной канцелярии; когда Ушаков письмом жаловался Блументросту на неаккуратность врачей, то Блументрост отвечал, что лекарь Волкерс «к больным арестантам, кои в крепости содержатся, определен», а при тяжелых случаях он обязан призвать доктора «господина Севальта и с его совету пользовать». Но все эти заботы об арестантах носили односторонний характер: при болезни одной важной колодницы призывали докторов, чтобы они ее лечили «с прилежанием неослабно», «понеже до нее касается важное царственное дело», то есть просто боялись, что она умрет и нельзя будет у нее выпытать всего, что необходимо было для окончания розыска; а когда колодники не были нужны, о них даже забывали до того, что они «умирали с голоду». После одного такого случая было велено давать по 4 деньги в день на человека. Если же колодник умирал от пыток, то это принималось как самая обычная вещь — о таких смертях обычно доносил караульный сержант, что такой-то арестант «в ночи умре без исповеди… и тело его зарыто в землю за Малою рекою Невою на Выборгской стороне». О побегах колодников из Тайной канцелярии нет ни одного указания, хотя, видимо, караул иногда за взятки допускал к колодникам посторонних лиц и передавал письма.
Наряду с допросами и «розыском» употреблялись также вспомогательные приемы для отыскания истины. Очень часто в инструкции сержантов, посылаемых за обвиняемыми, включался пункт о производстве обыска с опечатыванием подозрительных вещей для их препровождения в Тайную канцелярию; это опечатывание вещей, а иногда и помещения являлось обычным приемом. Если дело происходило в Петербурге, то обыски и опечатывание поручались подканцеляристу вместе с офицером, состоявшим при Тайной канцелярии. До нас дошел следующий документ: «По указу Его Императорского Величества отбывающему в канцелярии Тайных Дел на карауле Шлюшельбургского полку порутчику Якиму Ледицкому да подканцеляристу Семену Шурлову: прибыв Вам на Васильевский остров ген. — фельд. кав. св. кн. А.Д. Меншикова у бывшего крестового попа (что ныне рострига) Никиты Терентьева двор его на помянутом острову подле двора его светлости деревянной, собрав всякий багаж, что есть, в удобные места, запечатать и поставить караул, и о том в Канцелярии Тайных Дел репортовать. Секретарь Иван Топилской».
Когда же ни обыски, ни пытки, ни допросы не давали достаточно определенных данных, а между тем в это время кто-либо из преступников, обычно изнуренный «розыском», был недалек от смерти — в таком случае призывался священник, которому ставили задачу на предсмертной исповеди добиться у обвиняемого искреннего признания или точных, правильных показаний; практиковалось это не так уж и редко. При такой исповеди иногда присутствовал секретарь Тайной канцелярии.
Более успешному расследованию способствовали также вознаграждения, которые Тайная канцелярия почти всегда выдавала за «правый донос». Суммы вознаграждений колебались, но в большинстве случаев находились в пределах 5-30 рублей, смотря по важности доноса.
Такими мерами и средствами пользовалась Тайная канцелярия при расследовании поручаемых ей дел. Но, несмотря на жестокую решительность действий, отнюдь не всегда она достигала цели — раскрыть истинную картину преступления не всегда удавалось и такими средствами. Иногда оговоры до того запутывали дело, противоречия даваемых под пытками показаний доходили до таких размеров, что становилось невозможно разобрать, где и в чем истина. Чем тщательнее Тайная канцелярия расследовала иные дела, тем глубже заходила в лабиринт, из которого просто так уже было не выбраться. Хорошей иллюстрацией к этому служит «новгородское дело»; даже министрам оно представляется мудреным, а уж тут в пытках не стеснялись. Более или менее опытный преступник мог с успехом оговаривать и подводить под пытки всех, кого ему заблагорассудится. «Сомнением Вашим, Государь мой, — пишет Толстой Ушакову, — по Новгородскому делу я весьма согласуюсь; и что распопа Игнатий при смерти скажет, на том можно утвердиться и по тому его последнему допросу и бабам указ учинить, чего будут достойны». Так был найден выход — несколько искусственный — из тех «сомнений», в которых запутались даже опытные в деле розыска министры.