Однако деятельность министров в «определения» все равно не укладывалась, и это привело к появлению новой делопроизводственной формы. Еще до ее установления находим в делах Тайной канцелярии полуофициальную форму: тетрадь с заголовком «Записка приказам Его Превосходительства Петра Андреевича Толстого»; внутри этой тетради записано в хронологическом порядке по дням, когда Толстой бывал в Тайной канцелярии; скорописью набросаны все его мелкие приказания по содержанию колодников, исполнению бумаг и проч. Тут же есть отметки о пребывании в Тайной канцелярии государя. Тетрадь эта, несомненно, сначала не имела официального значения делопроизводственной формы, но под влиянием практики, по-видимому, к 1724 году эти записки частного характера получают название «протоколы». Эти «протоколы», переплетенные в кожаные переплеты, дошли до нас от 1724, 1725 и 1726 годов.
Протоколы велись в двух видах: во-первых, просто протоколы и, во-вторых, протоколы «по секретным делам». Обычные протоколы — это повседневные записи всего, что делалось в Тайной канцелярии главным образом во время присутствований министров с отметками, когда и кто из них приезжал. Тут же говорится о посылаемых бумагах, об учинении новых «розысков», об исполнении (в деталях) приговоров; здесь же находим отметки об учинении наказаний и т. д. Словом, не только записывались приказания министров (в том числе мелкие), но вносилась в «протоколы» вообще вся жизнь Тайной канцелярии. Здесь же отмечались болезни колодников, смерти, привод новых арестантов и распоряжения по конфискованным имуществам.
В протоколах «по секретным делам» имеются распоряжения министров (и секретаря) исключительно по делам секретного характера, которые не могли быть помещены в общий протокол, поскольку это нарушало «тайность». Характер этих протоколов тот же, что и общих протоколов, но содержание другое. Оба вида «протоколов» обычно скреплялись подписями «министров»; чаще всего это была подпись А.И. Ушакова.
Когда в Тайную канцелярию поступало какое-либо обвинение или доношение, учинялось «следование»; совокупность всех производимых в его процессе действий, заносимых на бумагу, и образовала собой делопроизводственную форму — то, что ныне принято называть «дело»; такое же название существовало и в то время. Озаглавливались дела обычно именем обвиняемого — например: «О Ефиме Санине», «О Березине»; иногда же, когда дело было сложное, оно получало название по какому-либо другому признаку, например по месту действия, — так появилось «Новгородское дело», «Ревельское дело». Сам способ ведения дела обычно обусловливал и форму его.
Первую часть всякого «дела» составляют бумаги, в силу которых дело началось; обычно это или письма Макарова, или промемория из какого-либо присутственного места, или просто отметка о приказе кого-либо из министров. Вторую часть дела обычно составляют допросные и пыточные речи, то есть записи того, что обвиняемые и свидетели говорили на допросах и пытках; при этом речи эти закреплялись подписями допрашиваемых и пытаемых. Почти постоянно из этих «речей» делался краткий экстракт — выписка, которая докладывалась министрам во время слушания ими дел. Третью часть дела составляет определение Тайной канцелярии; в его тексте обычно встречается выражение «слушав сия выписки» — то есть идет речь о только что упомянутом экстракте. Вслед за определением-приговором обычно помещается объявление преступнику о его вине и присужденном наказании. Наконец, в самом конце дела часто есть заметка об исполнении приговора.
Таковы основные части каждого «дела» Тайной канцелярии. Но очень немного дел выдерживают в чистоте такой тип. Часты элементы, расширяющие и усложняющие состав дела: например, иногда после допросных речей Тайная канцелярия делает постановления о дальнейших шагах для продолжения допросов и розысков, или о вытребовании новых лиц, или об изменении самого процесса (например, о передаче всего дела в ведение другого учреждения), или о наведении каких-либо справок в других учреждениях. Тогда дело сильно разрастается. Довольно часто тут же прилагаются письма министров и секретарей друг к другу; в этих письмах они обмениваются мнениями по поводу данного дела.