Играя большую роль в делопроизводстве, секретарь юридически являлся простым исполнителем велений министров — и только. Это ясно из следующих фактов. В июне 1722 года Топильский пишет бывшему в отсутствии Ушакову: «Ежели откуда будет присылать колодников, кои станут сказывать за собой государево слово или дело важное, таковых мне здесь принимать ли? Буде принимать, что с ними чинить? И которые колодники будут просить пиши, кормовые деньги давать ли? О том о всем требую указа». Вообще без указаний со стороны министров секретари не могли (или почти не могли) принимать дела и колодников. Топильский в одном письме 1722 года писал: «…изветы и роспросные речи в Канцелярию Тайных Дел без повеления Вашего Превосходительства принять не смею» А когда однажды тот же Топильский принял и даже допросил колодника без прямого на это указания министра, то он немедленно, сообщая о допросе, приносит в этом повинную: «…а что, государь мой, к вопросу оного Корноухова дерзновенно и нерапортовав Вашего Превосходительства учинил, в том прошу милостивого прощения». Секретари не имели права приступать к пыткам без особого в каждом отдельном случае приказа со стороны министров. И если министры были в отсутствии, то, посылая им (или одному из них) докладную записку о ходе дел, секретарь не приступал к «розыску», а спрашивал «впредь о том, что чинить».
На втором месте в иерархии приказных людей Тайной канцелярии стояли канцеляристы. В руках каждого из канцеляристов находилось «повытье», то есть отдельное делопроизводство. Один из канцеляристов обычно назначался «быть у прихода и у расхода», то есть вел денежные дела Тайной канцелярии, был как бы ее казначеем. Деятельность отдельных канцеляристов нельзя различить в общей массе делопроизводства; надо думать, они были заслонены секретарем. Получали канцеляристы, кроме хлебного жалованья, в год 80 рублей деньгами; выплаты денежного содержания, бывавшие обычно по третям года, происходили, очевидно, крайне неаккуратно. До нас дошло несколько прошений канцеляристов, направленных министрам, где они просят о выдаче им жалованья, задержанного за две трети года, и Тайная канцелярия определила им просимое жалованье выдать «для их сушей бедности и пропитания». Но когда кто-либо из канцеляристов просил об отпуске, то получить разрешение удавалось, видимо, не всегда.
Подканцеляристы употреблялись чаще всего просто для переписки многочисленных бумаг.
Таков был состав приказных людей Тайной канцелярии.
Но Тайная канцелярия почти очевидно не была учреждением, прикрепленным к одному месту; в Москве всегда существовала ее часть, ее отделение, — как это наблюдалось в устройстве почти всех коллегий и канцелярий. В августе — сентябре 1718 года дьяк Палехин был по настоятельной просьбе Ушакова отставлен от заведывания делами Тайной канцелярии и отправлен в Москву, чтобы там быть ему «в правлении всех дел» рекрутной канцелярии ведения Ушакова. Едва этот опытный доверенный человек приезжает в Москву, как Ушаков и Толстой начинают из Тайной канцелярии обращаться к нему по поводу производства ведущихся в Москве розысков. Палехин ведет следствия, допрашивает и пытает колодников, следуя ордерам министров, и обо всем доносит докладными выписками. В своих докладных выписках Палехин сообщает всегда, что пишет «из канцелярии с потешного двора от тайных дел», то есть из московской канцелярии Ушакова.
Дела, которые в части или даже целиком удобнее было расследовать в Москве, довольно часто попадались в производстве Тайной канцелярии. Например, в январе 1719 года Ушаков пишет Палехину, чтобы он сыскал и произвел допросы в Москве одному лицу, замешанному в ревельском адмиралтейском деле, что Палехии и исполняет, забирая колодника «в канцелярию на потешный двор к тайным делам», где и ведет все следование. В 1721 году Толстой поручает Палехину произвести аресты, обыски и допросы в Москве людей, замешанных в одно раскольничье дело. В 1720 году Палехин ведет по указаниям из Тайной канцелярии предварительное следствие в Москве по делу игумена Симона, у которого были найдены таинственные гадательные тетради. Следов такого участия Палехина в разных делах можно найти еще немало. При этом необходимо заметить, что всегда Палехин действовал только по прямым конкретным приказам министров; даже малейших следов какой-либо самостоятельности Палехина не встречается.
Таким образом, в канцелярии на потешном дворе в Москве, что была под ведением А.И. Ушакова, образовался особый отдел тайных дел, который вел секретарь Палехин; но он вел его не один — секретарями канцелярии на потешном дворе были в то время Василий Казаринов и Козьма Филиппов, видимо тоже имевшие отношение к тайным делам. Так, в делопроизводство канцелярии Ушакова, ведавшей в это время главным образом рекрутные дела, вошло особое делопроизводство по тайным делам.