Итак, в мае 1726 года петровская Тайная канцелярия закончила свое существование, формально будучи присоединена к Преображенскому приказу, а фактически совершенно уничтожена. Огныне все дела по первым двум пунктам передавались в исключительное ведение Преображенской канцелярии. Можно было бы полагать, что Преображенская канцелярия, почерпнув сил в таком новом влиятельном положении, займет, возродившись, прочное и высокое место среди других государственных учреждений России того времени. Однако этого не случилось: к 1726 году и князь Ромодановский, и канцелярия его ведения уже начали клониться к упадку. Ромодановский, тогда больной и слабый человек, постоянно живший в Москве, вышел уже из круга тех лиц, которые держали в своих руках управление государством; политические события, связанные со смертью Петра, выдвинули на первый план других людей, немедленно ревниво взявших в свои руки в лице Верховного тайного совета управление Россией, людей, которым Ромодановский был чужд и не нужен. Находившаяся в Москве Преображенская канцелярия с ее все-таки разнохарактерными функциями не могла уже удовлетворять насущным, жгучим потребностям Петербурга, и если ей можно было поручать дела, то только «не такие важные», о которых говорит указ от 28 мая 1726 года. При таком положении дела Преображенская канцелярия, естественно, остается на заднем плане и продолжает постепенно терять значение, а князь Ромодановский, все менее способный к личному вмешательству в этот процесс, уже никак не может остановить этот процесс.
Прошедший через Верховный тайный совет указ 1727 года о передаче части «дел государственных» Сенату, роль которого к этому времени была сведена к выполнению функции канцелярии при Верховном тайном совете, окончательно добил Преображенскую канцелярию.
Верховный тайный совет был создан в феврале 1726 года. Сейчас же вслед за его учреждением получило одобрение государыни «мнение не в указ о новом учрежденном Тайном Совете»; пункт 10 этого мнения гласил: «Сенат и прочие коллегии остаются при своих уставах; но дела особенной важности, о которых в уставе нет определений или которые подлежат собственному решению Ее Императорского Величества, они должны с своим мнением передавать в Верховный Тайный Совет». Под делами особенной важности подразумевались дела «против первых двух пунктов». Немногим позже императрица выразила категорическое желание, чтобы все случаи присуждения к смерти, натуральной или политической, тоже представлялись ей через Совет; ведь большинство дел «против первых двух пунктов» влекло за собой для виновных именно такого рода наказание. В результате все важные дела по «слову и делу» (неважными считались разве что совсем мелкие, вроде ложных оговоров) попали под контроль Верховного тайного совета, а сам он сделался непосредственным начальником Преображенской канцелярии, как учреждения почти исключительно ведавшего важными делами. При этом надо заметить, что ко времени полного формирования деятельности Верховного тайного совета Тайная канцелярия уже не существовала.
В течение второй половины 1726 года и начала 1727 года Ромодановский личными докладами предлагал на рассуждение и решение Верховного тайного совета «краткие выписки» по «важным» делам, решение коих он на себя брать не осмеливался и не хотел. Необходимо заметить, что никаких норм относительно того, когда дело должно было вноситься в Совет и когда можно было решать его самой Преображенской канцелярии, видимо, не имелось; классификация дел по их «важности», при большой неопределенности этого термина, сводилась к личному усмотрению Ромодановского как начальника канцелярии. Соответственно и ответственность за понимание «важности» всецело ложилась на того же Ромодановского, который, при усмотренной неправильности действий, мог быть — по крайней мере, теоретически — «жестоко штрафован», как всякий судья, вынесший неверный, по мнению высшей инстанции, приговор. Впрочем, по отношению к Ромодановскому в силу его влиятельности это не могло иметь приложения, и, следовательно, произвольность его действий ничем не ограничивалась.
«1726 года декабря 9 дня в Верховном Тайном Совете действительный тайный советник кн. Ромодановский доносил о колодниках, которые в Преображенской Канцелярии держатся по важным делам в непристойных словах… и предложил пять кратких выписок». Верховный тайный совет по этим выпискам выносил постановления; иногда он давал указания о дополнительном следствии, о его направлении и проч., вмешиваясь таким образом непосредственно в саму деятельность канцелярии. С конца 1726 года представления по делам Преображенской канцелярии в Верховный тайный совет вместо Ромодановского делает Ушаков, а после его отъезда в 1727 году из Петербурга обязанность эта пала на секретарей канцелярии; бывало и так, что выписки присылались в Совет без всякого от канцелярии докладчика. Однако при всех этих переменах порядок рассмотрения докладов в Совете оставался неизменным.