Власть карлуков окончательно утвердилась в Семиречье в 766 г., когда они заняли Тараз и Суяб. С той поры в соперничестве с уйгурами карлуки начали борьбу за Восточный Туркестан.
В 80-х годах VIII в. отношения между уйгурской династией и населением городов Тарима резко ухудшились. Недовольство и опасения там вызвал антиманихейский переворот в Ордубалыке, жертвой которого пал Бёгю-каган. Его убийца, провозгласивший себя Алп Кутлуг Бильге-каганом, санкционировал избиение согдийцев и манихейских вероучителей, живших в уйгурской столице. И в Семиречье, и в таримских оазисах манихейство было тогда господствующей религией. Именно согдийские и тюркские манихейские конгрегации были главными координаторами торговых операций на трассе от Семиречья до столичных центров Танской империи. Важным отрезком этой трассы был путь через Ордубалык, блокированный самозваным каганом сразу же после захвата власти в столице.
Договорные принципы, благодаря которым прежнему правителю Бёгю-кагану удалось утвердиться в таримских оазисах, были нарушены — узурпатор выгодам торговли предпочел ограбление согдийских и тюркских общин. Последствия не заставили себя ждать — города Притяньшанья восстали, а соседи — карлуки и тибетцы, заключив между собой союз, поддержали восставших. Как пишет китайский историограф, «тюрки в белых одеждах», т. е. манихеи, вместе с карлуками нанесли несколько серьезных поражений командующему уйгурской армией Иль Угаси; в 790 г. тибетцы и тюрки взяли Бешбалык, последний оплот уйгуров. Новая уйгурская армия в 50–60 тыс. воинов попыталась было изменить положение, но потерпела неудачу.
Поражение в Джунгарии и на Тариме не прошло бесследно для каганской ставки — начались распри, наследник Алп Кутлуга был свергнут и убит своим младшим братом, который не сумел удержаться у власти и сам погиб в ходе мятежа. Тяжелая война с карлуками и тибетцами продолжалась; ход ее почти не освещается источниками.
В смутное время к власти в Ордубалыке пришла новая династия из племени
Карлуки лишились мощной опоры в Северном Притяньшанье, где города и кочевые племена (вероятно, ягма) признали протекторат кагана Отюкенской черни. В 803 г. уйгурское войско заняло Кочо (Турфан) и, нанеся поражение карлукам, через Фергану вышло на Сырдарью. Это был последний успех уйгуров на западной границе.
В первом десятилетии IX в. главным врагом уйгурского каганата стали енисейские кыргызы. Войны между ними, с переменным успехом, шли более двадцати лет. В 840 г. кыргызы, объединив усилия с мятежным уйгурским полководцем, взяли Ордубалык. Уйгурский каган пал в сражении.
Теряя по пути отставших и отчаявшихся, остатки токуз-огузов во главе с одним из яглакарских принцев, оставив родину кыргызам, пришли на свои прежние пограничные земли. Единство племен вскоре было утрачено. Беглецы укрепились в Куче и Бешбалыке. Вождь бешбалыкских уйгуров Буку Чин, разгромив тибетцев, стал господином положения во всем Таримском бассейне. Так было положено начало уйгурскому государству Кочо с центрами в Турфане и Бешбалыке.
Несмотря на неудачи в войнах начала IX в., положение Карлукского государства, опиравшегося на богатые семиреченские города, оставалось прочным. Обогащению ябгу способствовали выгодная торговля тюркскими рабами для гвардии аббасидских халифов на сырдарьинских невольничьих рынках и контроль за транзитом в Китай на участке от Тараза до Иссык-Куля. Укрепились позиции карлуков и в Фергане, несмотря на несколько попыток арабов вытеснить их оттуда. Самым опасным для ябгу оказался поход знаменитого сподвижника халифа ал-Мамуна (правил в 813–833 гг.), Фадла б. Сахла, известного под титулом Зур-рийасатайн («Обладатель двух знамен»). Арабы предприняли поход между 812–817 гг. в район Отрара. Там был убит начальник карлукской пограничной охраны, а затем будто бы была захвачена в плен семья ябгу, а сам ябгу бежал к кимакам. Успех нападавших явно преувеличен в донесении Фадла, однако положение пограничного отряда карлуков действительно могло создать для ябгу напряженную ситуацию на западной границе.
Прошло четверть века, и крах последних каганов Отюкена, доминировавших на протяжении трех веков, создал во всей тюркской Центральной Азии совершенно новую геополитическую ситуацию: впервые за триста лет окончательно исчез мощный центр власти, определявший возможности экспансии или даже существования любого государства в Туркестане. Отныне тюркские племена признавали лишь высокий статус рода, унаследовавшего каганский титул, но уже никогда — его единую власть.