Если же гарнизону крепости удавалось отразить штурм, то в дальнейшем основанная меченосцами крепость становилась опорным пунктом для последующих завоеваний.
Меченосцы находились в вассальной зависимости от епископа Ливонии и владели своими землями на правах лена. При первом магистре гладиферов, именовавшемся по-немецки «геермейстером» («войсковым начальником»), Венно (Вайнгольде) фон Рорбахе епископ Риги в 1207 г. уступил меченосцам в полную собственность треть христианской Ливонии и еще не окрещенных прибалтийских земель.
Меченосцы занялись деятельным укреплением своих новых рубежей, поскольку Ливония считалась удельным владением двинских (русских) князей, а к тому же новые рубежи оказались границей с новгородскими и псковскими землями.
В 1210 г. папа римский утвердил раздел христианизированной части Ливонии, предоставив исключительное право на дальнейшие завоевания ордену меченосцев. В это время восстали латгалы, при поддержке части племени (или, точнее, племенного союза) ливов. Подавив их восстание, меченосцы продолжили завоевание Эстляндии, организовав зимой того же года большой поход против язычников-эстов, в котором, кроме гладиферов, приняли участие ливы, летты и отряд русских воинов из Пскова.
В процессе христианизации Ливонии меченосцы вступили в войну с двинским князем Всеволодом. Как уже упоминалось выше, они в 1207 г. захватили стоявшую на Двине крепость Кукенойс (переименовав ее в Кокенгаузен).
Дело было так. Князь Кукенойса Вячеслав (Вячко) Борисович приехал в Ригу и предложил епископу Альбрехту половину своих владений в обмен на военную помощь в борьбе с наседавшими на него литовцами. Вскоре один из вассалов епископа ночью захватил Кукенойс и пленил самого князя Вячко. Узнав об этом, епископ Альбрехт приказал освободить Вячеслава Борисовича, вернуть ему имущество и владения и пригласил его к себе в Ригу для окончательного примирения. Всячески обласкав князя Вячеслава, рижский епископ отпустил его домой, послав вместе с ним военную помощь в количестве 20 тяжеловооруженных ратников. Сам же епископ собрался в очередной раз отплыть в Германию проповедовать Крестовый поход. Вернувшись в столицу своего княжества, Вячеслав (полагавший, что епископ с рыцарями уже уплыл из Риги) приказал перебить людей, присланных с ним Альбрехтом для укрепления обороны Кукенойса. Однако Альбрехт еще не успел отплыть… со всеми вытекающими из этого последствиями. Люди епископа и меченосцы сожгли Кукенойс (по другой версии, его поджег сам князь Вячеслав Борисович, не надеявшийся удержать город, после чего бежал на Русь).
В 1209 г., вернувшись из Германии с очередным отрядом «вооруженных паломников», епископ Альбрехт решил взять под контроль владения двинского князя Всеволода – Герцике (Герсику, Ерсику или Ерсике). Войско епископа и меченосцев осадило и взяло штурмом одноименную столицу княжества. Самому князю Всеволоду пришлось искать спасения в бегстве. Разграбив город Ерсику, меченосцы подожгли ее и ушли, захватив с собой многочисленных пленных. Разбитый меченосцами князь Всеволод обратился за помощью к новгородцам. Те были обеспокоены появлением на своих границах латинян и откликнулись на призыв Всеволода, чему немало способствовал правивший в описываемое время в Новгороде князь Мстислав Удатный. Мстислав организовал совместный поход новгородского и псковского войска в Ливонию, захватив много пленных и обложив эстов данью. Поход увенчался успехом, заставив меченосцев на некоторое время снизить темп колонизации.
Впоследствии князь Всеволод прибыл к епископу в Ригу для подписания мирного договора, по которому его заставили отказаться от военного союза с литовскими язычниками и «подарить» рижскому епископу и ордену Ливонию (признать себя вассалом Ливонии).
В 1212 г. новгородское войско под предводительством князя Мстислава Удатного дважды вторгалось в Эстляндию, «ополонившись челядью» (взяв множество пленных).
В скором времени меченосцы возобновили свое продвижение. На этот раз они занимались не только миссионерской деятельностью и обращением местных языческих племен в христианство латинского обряда. Им удалось посеять рознь между Псковом и Новгородом. Результатом их действий стало почти поголовное обращение племени ливов в христианство и дружба епископа Альбрехта с псковским князем Владимиром, который вскоре был за это изгнан (не псковичами, а Мстиславом Удатным – князем Новгорода Великого, «старшего брата» Пскова) и уехал к епископу Альбрехту в Ригу. Взамен изгнанного Владимира Мстислав Удатный посадил в Пскове на княжение своего вассала князя Давыда Торопецкого. Изгнанный князь Владимир в союзе с меченосцами пошел войной на Псков, осадил город, но взять Псков не сумел и был вынужден, сняв осаду, возвратиться в Ливонию.
Неудача меченосцев под Псковом вызвала (при поддержке полоцкого князя Владимира) крупное восстание языческих племен против власти ордена, в ходе подавления которого меченосцы потерпели серьезное поражение на территории Южной Эстонии в 1217 г.