Но после распространения власти Тевтонского ордена на бывшие владения меченосцев в Ливонии, гохмейстеры тевтонов стали истолковывать содержание папской грамоты «расширительно», утверждая, что и орденские земли в Ливонии также попадают под юрисдикцию папских грамот. Рижская епископская кафедра, разумеется, никак не могла согласиться с подобным «расширительным» толкованием и вступила с орденом в ожесточенную борьбу, бомбардируя Рим непрерывными жалобами на дерзость, наглость и самоуправство тевтонских рыцарей. В этой борьбе папский престол старался лавировать, не принимая однозначно сторону ни того ни другого жалобщика.
В 1245 г. рижский (упорно именовавший себя на печатях и в документах «ливонским»!) архиепископ был возведен папой в сан «архиепископа Ливонского, Эстонского и Прусского» (а в 1255 г. дополнительно утвержден папой в сане архиепископа Рижского). Но это «повышение» нисколько не снизило накала борьбы за лидерство в регионе. В 1347 г. Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии был – папской буллой! – освобожден от всякой ленной зависимости от рижского архиепископа. А с конца XIV в. он – параллельно с общим усилением Тевтонского ордена, достигшего пика своего могущества в Пруссии и Прибалтике, – стал фактически хозяином и вершителем судеб всего Прибалтийского края (хотя рижская кафедра, по старой памяти, еще долго оказывала сопротивление непомерно возраставшему могуществу тевтонов). Со временем руководство ордена Девы Марии в Ливонии добилось положения, при котором даже епископы в соседние (не орденские!) епархии назначались только из числа тевтонских братьев-священников (это называлось «инкорпорацией»).
С момента присоединения остатков Ливонского ордена меченосцев к Тевтонскому ордену и до окончательного раздела ливонских владений ордена Девы Марии между Швецией и Польско-Литовским государством (Речью Посполитой) во второй половине XVI в. в Ливонии сменилось 9 ландмейстеров и 10 ландмаршалов (исполнявших в лифляндских владениях Тевтонского ордена функцию заместителя магистра, или вице-магистра, выполнявшуюся в прусских владениях ордена Девы Марии великими комтурами).
Ландмейстер ливонских тевтонов носил на шее, как знак своей должности, особую цепь, к которой был подвешен украшенный разноцветной эмалью золотой образ покровительницы Тевтонского ордена – Пресвятой Богородицы с Богомладенцем Иисусом на руках, причем основанием престола Пречистой Девы служил гербовый щит Тевтонского ордена с прямым черным крестом на белом поле, а звеньями ландмейстерской цепи – сдвоенные золотые мечи (в память о происхождении ливонского филиала Тевтонского ордена от ордена меченосцев).
После того, как ландмейстер Вольтер (а не Вальтер, как часто неправильно пишут) фон Плеттенберг (1494–1535), успешно отразивший (главным образом благодаря превосходству орденских войск в артиллерии и ручном огнестрельном оружии) наступление войск великого князя Московского и государя всея Руси Иоанна III, в 1513 г. предоставил Тевтонскому ордену крупную сумму денег, необходимую для войны с Польшей, тогдашний верховный магистр, маркграф Альбрехт Бранденбург-Ансбахский из рода Гогенцоллернов, в благодарность предоставил ливонским орденским братьям определенную независимость в рамках Тевтонского ордена и возвратил им старинное право самим выбирать себе геермейстера (войскового магистра).
Вольтер фон Плеттенберг, подобно верховному магистру Альбрехту, поддержал проникшую в Ливонию из Германии Реформацию и даже присоединился в 1531 г. к Шмалькальденскому союзу протестантских немецких князей, поднявших меч на своего сюзерена – владыку Священной Римской империи и короля Испании Карла I Габсбурга, о котором говорили, что в его владениях «никогда не заходит солнце».
С 1588 г. начались победоносные походы войск царя Иоанна Васильевича Грозного в Ливонию. Избранный в 1559 г. ливонским геермейстером Готтард фон Кеттелер (Кетлер), отчаявшись получить помощи от императора и германских князей, отдался в 1560 г. под покровительство Польши, в 1561 г. сложил с себя свой сан, снял орденское облачение, уступил Польше Ливонию и получил от польского короля Сигизмунда-Августа в лен Курляндию и Земгалию, положив начало династии герцогов Курляндских.
Знамя Дома Пресвятой Девы Марии Тевтонской в Ливонии