Царь Иоанн Грозный предложил взятому им в плен Фюрстенбергу возглавить «Ливонское государство» под московским протекторатом, но бывший ландмейстер ливонских тевтонов гордо отказался, предпочтя через 10 лет угаснуть в московском плену. Впрочем, в плену он жил доходами с поместья, пожалованного ему Иоанном Васильевичем, и, мягко говоря, не бедствовал. После очередного поражения крайне малочисленного, лишившегося всей своей артиллерии ливонского войска в Эргемском сражении (1561) Дом Пресвятой Марии Тевтонской в Ливонии фактически прекратил свое существование (хотя юридически был упразднен лишь через два года). В 1559 г. датчане завладели островом Эзель (по-эстонски: Сааремаа) и частью курляндских земель. Вассалы ордена Пресвятой Девы Марии в северных провинциях Эстляндии, окончательно убедившись в неспособности орденских властей обеспечить эффективную защиту их земель, обратились за помощью к шведскому королю Эрику XIV. В начале 1561 г. дворянство и города этих бывших провинций Тевтонского ордена присягнули на верность шведской короне. Остальные владения Дома Пресвятой Марии Тевтонской в Ливонии и прибалтийских епископств по Виленскому договору 1561 г. перешли под власть Польши, присягнув королю Сигизмунду II Августу – прямому потомку литовского князя и польского короля Владислава Ягайло (Ягелло), победителя войска Тевтонского ордена под Танненбергом в 1410 г.
Город Рига – бывшая столица рыцарей-тевтонов в Ливонии – отказался (несмотря на передачу ключей от Рижского орденского замка бывшим ландмейстером Кеттелером князю Радзивиллу) подчиниться Польско-Литовскому государству и еще на протяжении 20 лет сохранял статус вольного ганзейского города, признавая над собой лишь номинальную власть Священной Римской империи германской нации.
И наконец, остров Эзель и земли Пильтенского епископства в Курляндии (то есть часть Курляндии, никогда не принадлежавшая Тевтонскому ордену) были куплены королем датским Фредериком II у епископа Иоганна фон Мюнхгаузена (
В результате сокрушительного поражения Тевтонского ордена в Ливонской войне Готтгард фон Кеттелер 1 марта 1562 г. публично заявил в Рижском замке о сложении с себя звания ландмейстера и об официальном упразднении орденского государства тевтонов в Ливонии.
Ливонская война с переменным успехом продолжалась до 1582 г., но только велась она уже между Польско-Литовским государством, Швецией и Грозным царем Московитской державы. С тех пор термин «Ливония» («Лифляндия») применялся исключительно к территориям, расположенным к северу от Западной Двины, включавшим в себя современные латвийские провинции Видземе и Латгале, а также южную часть современной Эстонии.
В упомянутой выше победоносной для русских битве под Феллином в 1560 г. воевода царя Иоанна Грозного, князь Андрей Михайлович Курбский, пленил 11 (!) комтуров Дома Пресвятой Марии Тевтонской в Ливонии, престарелого бывшего ландмейстера Фюрстенберга и ландмаршала ливонских рыцарей (как их издавна называли на Руси) Филиппа Шаля фон Белля.
Царский воевода с великим почетом принял знатных ливонских пленников в своем походном шатре и долго слушал вместе со своими соратниками увлекательные рассказы ландмаршала Белля о Крестовых походах тевтонов в Святую землю и языческую Пруссию, о подвигах их собратьев-иоаннитов на Родосе и Мальте. Князь Курбский отослал пленных немецких рыцарей к царю Грозному в Москву с самыми наилучшими рекомендательными письмами. Сам ливонский ландмаршал Филипп Шаль фон Белль, к сожалению, вел себя с Иоанном Васильевичем слишком дерзко и независимо, за что и поплатился головой (вместе с четырьмя оказавшимися не в меру строптивыми комтурами ордена Девы Марии, отвечавшими царю «противным словом»).
Иоанн IV был, по воспоминаниям князя Курбского, смертельно уязвлен тем, что ландмаршал отказался признать военное превосходство московитов, объяснив свое поражение исключительно небесной карой за допущение в Ливонию лютеранской ереси: «Когда мы имели одного истинного Бога Иисуса Христа и одну истинную римскую (католическую