Кизингер любил сравнивать коалицию с упряжкой неравных по силе лошадей, которой он вынужден управлять. То, что, в конце концов, поводья выпали у него из рук, выяснилось во время выборов Густава Гейнеманна на пост федерального президента весной 1969 года. Брандт заявил, что в первый раз после смерти Фридриха Эберта следует посадить на место главы государства социал-демократа. Сам по себе Кизингер был готов оставить социал-демократам эту должность, хотя бы для того, чтобы заинтересовать партнеров в возобновлении коалиции после выборов в бундестаг. Однако канцлер вновь оказался слабым руководителем, он дал коллегам по партии уговорить себя и выставить на выборы своего кандидата. Правда, разногласия и тут не прекратились. Фаворитом Кизингера был Рихард фон Вайцзекер, а большинство из ХДС отстаивали кандидатуру министра обороны Герхарда Шрёдера. Кизингер и Шрёдер были давними соперниками, и министр обороны не уставал критиковать «восточную политику» канцлера и «подпиливать ножки его стула». «Я не хочу быть федеральным президентом. Вместо этого я соберу следующий кабинет министров, в крайнем случае, через один срок», — открыто говорил он коллегам по партии. Кизингер тянул и лавировал до тех пор, пока Вайцзекер не потерпел поражение во время внутрипартийной перебаллотировки ХДС.
1 ноября 1968 года СДПГ выдвинула на пост федерального президента кандидатуру федерального министра юстиции Гейнеманна. ХДС выставил со своей стороны Шрёдера. Для Кизингера, который 22 мая 1967 года стал председателем своей партии, это было постыдным поражением, его репутации был нанесен непоправимый ущерб. Позже он сам признавался, что должен был жестче отстаивать Вайнзекера. «Если я и чувствую себя сейчас в чем-то виновным, — напишет он в 1980 году, — так в том, что тогда не пригрозил партии своей отставкой». Большинству членов ХДС теперь стало очевидно, что им не хватает сильного человека во главе. Председатель земли Рейнланд-Пфальц Гельмут Коль предупредил Кизингера, что в партии «чувствуется отчетливый призвук недовольства, которое не умолкает и при Вашем имени. Общий упрек заключается в том, что председатель слишком отдален от собственной партии». Коль сообщил, что многие считают, будто у канцлера нет воли к власти.
Решающую роль в какой-то момент сыграла СПГ, без ее голосов Гейнеманн не смог бы получить абсолютного большинства голосов. Со времени собрания партии в Ганновере в апреле 1967 года СПГ в большинстве своем была ориентирована в национальной политике на социал-демократический курс. С тех пор партия раскололась на реформистов и консерваторов. Вопрос стоял так: удастся ли новому председателю партии реформисту Вальтеру Шелю развернуть СПГ налево? Венер неожиданно внес сенсационное предложение: если СПГ проголосует за Гейнеманна, изменение избирательного права будет отменено окончательно, а введение этого нового способа выборов стало бы для либералов смертным приговором.
6 марта 1969 года Густав Гейнеманн был избран новым федеральным президентом. То, что либералы сплоченно проголосовали за кандидата СДПГ, обозначило перемену вектора власти и, соответственно, конец Большой коалиции. Уже давным-давно было видно, что все карты будут смешаны: «Как я это вижу, все идет к коалиции с СДПГ», — уже в 1968 году сообщил по секрету глава СПГ Шель своему заместителю Гансу-Дитриху Геншеру во время летней прогулки по Праге. Конец Большой коалиции приближался с согласия Венера.
«Берлинский кризис» нанес окончательный удар по энергичному строителю Большой коалиции. Перед выборами федерального президента Восточный Берлин и Москва ожесточенно протестовали против присутствия федерального собрания ХДС в Берлине. Раз Бонн не признает статус Берлина, выборы воспринимаются как провокация, а Бонн обостряет напряженность Восток — Запад. Венер увидел в этом удачную возможность все еще разбить лед в отношениях с Панковом, он предложил сменить место выборов. Но восточные берлинцы совершенно не волновали Кизингера, он почувствован шанс изменить отношения с Москвой: когда Кремль предложил «сделку», требуя перенести место федерального собрания, можно было ответить «жестом снижения напряженности». Кизингер уже видел себя в роли укротителя медведей и обратился к советскому послу Царапкину с требованием улучшить условия жизни восточных берлинцев, в противном случае выборы пройдут в Берлине. Кизингера постигло разочарование: в ответ на все его заявления ГДР предложила западным берлинцам возможность посетить родственников, но не наоборот, восточным берлинцам вход в Западный Берлин был запрещен. Этого было, разумеется, недостаточно. Кизингер отклонил предложение.