В зените своей карьеры в качестве канцлера Кизингеру пришлось смириться с тем, что 4 июля 1968 года франкфуртский суд присяжных вытащил на свет его национал-социалистское прошлое. Защита привлекла канцлера в качестве свидетеля зашиты по делу обвиняемого секретаря миссии Фритца Гебхарта фон Ханна. Фритц был назван «кабинетным преступником», виновным в пособничестве депортациям евреев из Фракии, Македонии и Салоников. Отражая обвинения, Кизингер отвечал, что «никогда за весь период моей службы я не знал… самостоятельно или по служебной необходимости», какие мероприятия проводились в отношении евреев. Даже когда на стол ложились сообщения об уничтожении евреев, «это наверняка были именно те сообщения, которые я принимал за вражескую пропаганду». «Мы естественно сопротивлялись тому, чтобы верить этим сообщениям», — говорил канцлер. Якобы только в личной беседе до него дошли слухи об уничтожении евреев на Востоке и возбудили в нем подозрения, что «происходит что-то очень злое, что-то очень плохое». Кизингер очень хорошо знал, что не хочет знать лишнего.
После капитуляции Германии в 1945 году оккупационные власти направили Кизингера в лагерь для интернированных Людвигсбург, его обвинили в службе в ведомстве Риббентропа, и 18 месяцев он провел под арестом. Аттестационная комиссия Шайнфедьда в Средней Франконии 12 мая 1947 года классифицировала бывшего члена НСДАП как «соучастника», но через полтора года он был назван «раскаявшимся».
Кизингер не был ни активным приверженцем гитлеровской политики, ни тем более «кабинетным преступником», но он точно так же не входил в Сопротивление. Кизингер выбрал срединный путь и до самого конца исполнял свою службу. «Он лучше других знал, что заключил с режимом компромисс, поэтому вопрос, всегда ли он вел себя правильно, не давал ему покоя до конца его дней», рассказывает доверенное лицо канцлера, Гюнтер Диль, тоже в свое время служивший в министерстве Риббентропа.
Не только за границей и в самой Германии во время выборов и во время канцлерства Кизингера постоянно звучали протесты против «нациста». Пропаганда ГДР начала регулярную кампанию, где Кизингера поставили к позорному столбу как «лидера нацистской военной пропаганды радиовещания за границей». Немецкий философ Карл Ясперс говорил об «издевательствах и оскорблениях», а писатель Гюнтер Грасс взывал к Кизингеру в открытом письме, замечая, что никто из тех, кто «уже однажды действовал против здравого смысла на службе у преступников», не может занимать должность бундесканцлера.
Сам Кизингер был поражен такой бурной реакцией. Больше всего его задевало то, что обвинения из-за границы и из ГДР были приняты средствами массовой информации в ФРГ за чистую монету и активно распространялись. «Они сомневаются в человеческой честности, — ожесточенно жаловался он, — и это хуже всего. Они сомневаются в честности». Но все же Кизингер не спешил занять однозначную позицию. «Кто защищается, признает себя виновным», — говорил он друзьям. На самом деле ему не помешало бы раскрыть все свое прошлое и тем самым пресечь слухи и сплетни. Но во всех публичных выступлениях Кизингер претендовал на то, что на самом деле он никогда не был национал-социалистом, а наоборот, старался подорвать их авторитет. «Даже если бы я был всего лишь так называемым соучастником, если бы на самом деле я не оказывал сопротивление и не рисковал своей головой, я бы не претендовал на кресло канцлера». — сообщил Кизингер в декабре 1966 года израильской газете. Он видел себя представителем поколения, которое, в сущности, не повлияло на преступный режим, не признавало за собой преступления, но которому приходилось все же нести тяжелый груз ответственности из-за так называемой внутренней эмиграции. В одном интервью 1979 года Кизингер сказал: «Даже если признать, что это было принуждение, против которого никто в одиночку не мог ничего предпринять, все равно каждый был частью народа, попавшего на ужасную страницу истории. Ужасную не потому, что этот народ проиграл войну, а из-за того, что было сделано во имя этого народа. Поэтому руки самому себе я бы не подал».