Польша одна из первых должна была подписать одновременно с Версальским договором от 28 июня 1919 г. особый договор с великими державами, основные положения которого касались национных, лингвистических или религиозных прав ее меньшинств, гарантировала им Лигой Наций. Возмущение, вызванное этим договором, было направлено не против самих его положений, так как Польша была готова включить даже более широкие права для всех меньшинств в свою конституцию, а против международного вмешательства в эту щекотливую проблему. В случае Польши вмешательство ее соседей в проблему ее религиозных меньшинств накануне разделов было действительно болезненным воспоминанием. И хотя сейчас аналогичное вмешательство было доверено международной организации – Совету Лиги Наций, тот факт, что эта международная защита меньшинств не стала всеобщей, вызвал негодование как дискриминация не только в Польше, но и в других «новых» государствах – Чехословакии, Румынии, Югославии и Греции, которым пришлось подписать похожие договоры. Среди проигравших стран только небольшим государствам, но не Германии, тоже пришлось принять эти обязательства в отношении меньшинств в своих соответствующих мирных договорах.
Опасения, вызванные системой защиты меньшинств, оказались оправданными и еще по одной причине. Изначально эта новая система была введена главным образом для обеспечения защиты большим еврейским меньшинствам в странах Центрально-Восточной Европы. Однако когда ее распространили на все другие группы, то вскоре ее стали использовать и злоупотреблять ею в пользу немецких меньшинств, которые были разбросаны по всему этому же региону. И это послужило немецкому рейху инструментом для создания проблем в соответствующих странах и оказания помощи немецким группам оппозиционеров в государствах, гражданами которых они теперь были. Однако эта опасность стала очевидной только после принятия Германии в Лигу Наций, а это произошло только после принятия в нее всех государств Центрально-Восточной Европы.
В добавление к пяти из них, которые, как государства-союзники, были среди первых членов Лиги, новая Финляндская республика, восстановленная Албания и два бывших врага (воевавших на стороне Германии), Австрия и Болгария, были приняты в члены Лиги Наций на ее первой ассамблее в декабре 1920 г. По такому случаю все государства, которые раньше находились под властью России, тоже попросили о своем принятии в ее члены, но их заявления были отклонены большинством голосов, которое, за исключением случая Финляндии, не сочло их положение достаточно стабилизировавшимся и сомневалось в том, сможет ли Лига Наций защитить недавно провозглашенную независимость этих стран. Эти опасения оказались справедливыми в отношении Украины, равно как и далеких Закавказских республик, но Эстония, Латвия и Литва были приняты на второй ассамблее Лиги в сентябре 1921 г., получив тем временем де-юре признание всех государств. Принятие Венгрии в члены Лиги Наций было отложено до следующего года из-за нерешенного вопроса о Бургенланде. Всем этим новым членам, пока они не подписали договоры, включавшие защиту меньшинств, пришлось подписать декларации об этом (Финляндия – только в отношении Аландских осторовов) по случаю их принятия в Лигу, что сделало эти международные гарантии общим правилом в Центрально-Восточной Европе. Взаимные гарантии в пользу меньшинств по обеим сторонам границы были включены только в Рижский договор и Женевскую конвенцию в отношении Верхней Силезии.
Помимо этой проблемы меньшинств у стран Центрально-Восточной Европы было много других случаев – гораздо больше, чем у других государств, – использовать аппарат Лиги Наций. Некоторые из этих проблем стали результатом территориальных споров, связанных с установлением новых границ, но они либо не были окончательно решены, либо вообще не были затронуты на Парижской мирной конференции. Они были озвучены перед Советом Лиги Наций в рамках статьи 11 Конвенции как угрозы международному миру. Лига успешно решила вопрос об Аландских островах и Верхней Силезии, и, хотя проблему Вильно (Вильнюса) нельзя было решить в Женеве, действия Совета во многом способствовали избеганию вооруженного конфликта из-за этой проблемы.
Лига Наций также содействовала решению нескольких менее значимых споров в отношении границ Албании, а также между Польшей и Чехословакией и успешно урегулировала два довольно опасных инцидента на Балканском полуострове. Особенно трудным для решения был спор между Грецией и Италией в 1923 г., потому что одна из великих держав была уже вовлечена в конфликт, вела военные действия – обстрелы и оккупировала остров Корфу. И хотя Италия хотела вынести решение этого дела на суд Конференции послов, предложения Совета Лиги Наций были по сути выполнены, и Корфу был возвращен Греции. В 1925 г. снова произошло столкновение – на этот раз между греческими и болгарскими вооруженными силами, но в этом споре между двумя маленькими странами Лига действовала эффективно и помогла избежать серьезных проблем.