Германо-советский пакт немедленно дал ясно понять, что, несмотря на все усилия сохранить мир, включая усилия папы Пия XII и президента Рузвельта и запоздалое посредничество Великобритании между Германией и Польшей, война стала неизбежной, и была серьезная опасность того, что вторжение в Польшу будет происходить с двух сторон. Поэтому, когда 25 августа Великобритания подписала свой окончательный договор о взаимопомощи с Польшей, в секретном протоколе уточнялось, что немедленные «поддержка и помощь» должны быть оказаны только в случае нападения Германии. Но мы знаем сейчас, что германо-советский договор тоже сопровождался секретным протоколом, который заранее предусматривал раздел Польши и всей остальной Центрально-Восточной Европы на сферы влияния двух партнеров. Польша должна была быть «трансформирована» вдоль линии, проходящей по рекам Нарев, Висла и Сан, тем самым «раздвигая» территорию Советского Союза до восточного пригорода Варшавы. Более того, Финляндия, Эстония, Латвия и Румынская Бессарабия оказывались в сфере влияния России, в то время как Германия претендовала только на Литву и заявила о своей незаинтересованности в Юго-Восточной Европе.
Вторжение Германии в Польшу утром 1 сентября 1939 г. без объявления войны и после компромиссного предложения, сделанного в последнюю минуту, которое даже не было прямо передано польскому правительству в разумные сроки, встретило первое сопротивление, оказанное Гитлеру. Но Великобритания и Франция объявили войну агрессору только 3 сентября и даже тогда сочли невозможным предоставить своему союзнику сколько-нибудь значительную помощь. Поэтому в течение семнадцати дней Польша в одиночку противостояла блицкригу и жестоким воздушным бомбардировкам превосходящих сил противника, которые когда-либо переживал любой народ. Затем, 17 сентября она получила уведомление от советского правительства, что Красная армия переходит ее восточную границу, чтобы «защитить население Западной Украины и Западной Белоруссии». Советская нота с заявлением об этом ударе в спину была хорошо спланирована по времени путем постоянных переговоров с нацистами. И хотя в ней подразумевалось, что Польское государство, его правительство и ее столица уже перестали существовать, тем не менее яростное сопротивление немцам продолжалось более двух недель. Варшава, в частности, сдалась 28 сентября только после героической обороны и беспощадного разрушения люфтваффе (военно-воздушные силы гитлеровской Германии).
28 сентября в Москве был подписан еще один германо-советский договор – о дружбе и границе, который определил новую границу на разделенной территории «бывшего Польского государства». По предложению Сталина было решено, что «будет неправильно оставить огрызок независимого Польского государства», который «в будущем может создать трения между Германией и Советским Союзом», и что желательно внести небольшое изменение в изначальное разграничение их сфер национальных интересов. Доля Германии в разделе Польши была увеличена и составила почти половину страны до реки Буг, но, как говорилось в другом секретном протоколе, Литва теперь попала в сферу влияния России лишь с одним незначительным изменением границ в пользу Германии.
Вскоре стало очевидно, что это означало для Литвы, к которой должен был отойти Вильно (Вильнюс), а также что это означало для других Прибалтийских стран. А перед Польшей сразу же встали две жизненно важные проблемы – обеспечить свое существование как независимого союзного государства под управлением конституционного правительства и организовать подпольное сопротивление в оккупированной стране в тесном контакте с законными властями в изгнании. Когда президент Мосьцицкий вместе с кабинетом министров пересек границу с Румынией, где все они были интернированы, он ушел в отставку. В соответствии с положениями конституции он назначил бывшего председателя сената Владислава Рачкевича своим преемником. Рачкевич был тогда в Париже, где и назначил новое правительство с генералом Владиславом Сикорским в качестве премьер-министра и военного министра. Они договорились, что будут следовать конституции 1935 г., которую нельзя было пересмотреть в военное время, и демократическим принципам; знаменитый польский пианист, композитор и патриот И.Й. Падеревский был избран президентом Государственного совета, который работал как парламент в изгнании.