Фотий собрал поместный собор, осудил все римские заблуждения и сообщил об этом окружным посланием всем восточным патриархам, приглашая их на новый собор для рассмотрения вопросов о заблуждениях Римской церкви. Собор открылся в Константинополе в 867 г. На нем присутствовали местоблюстители восточных патриархов, много епископов и сам имп. Михаил с новым кесарем, Василием Македонянином. Фотий основательным образом раскрыл перед собором все заблуждения Римской церкви и предложил свергнуть с престола папу Николая, о чем было решено просить западного императора Людовика. Споры между церквами очень скоро приняли другой оборот. Император Михаил 3-ий был убит, благодаря интригам Василия Македонянина, который сам стал императором. В его политические расчеты не входил разрыв с папой, поэтому он решил низложить Фотия и восстановить Игнатия. В Рим, к папе было отправлено унизительное для восточной церкви письмо. Василий Македонянин сам подчинял восточную церковь папе, отдавая ему на суд Фотия и прося утвердить Игнатия. Николай не дожил до такого торжества, - он умер до приезда посольства.
Адриан 2-ой, новый папа, поспешил воспользоваться обстоятельствами, так хорошо сложившимися для римской кафедры. Он созвал (868 г.), в Риме собор, предал Фотия и его приверженцев проклятию, публично сжег определения Константинопольского собора (867 г.) против Николая, присланные ему Василием Македонянином, и затем отправил в Константинополь своих легатов, чтобы окончательным решением дела Фотия и Игнатия там доказать свою власть. В Константинополе в 869 году состоялся собор, считающийся на западе восьмым вселенским. На нем Фотий был низложен и предан проклятию, а Игнатий восстановлен, но что всего хуже, на этом соборе восточная церковь согласилась на все требования папы и подчинилась ему. Легаты, заправлявшие делами собора, толковали только о главенстве папы в духе лжеисидоровских декреталий и постарались даже провести такого рода определение, что даже вселенский собор не имеет права составлять определений против папы. Греческие епископы только после собора поняли, какую ошибку они сделали. Когда легаты представили императору соборные акты, он сначала отобрал их, но потом возвратил. Зато в вопросе о болгарской церкви восточные епископы и даже патриарх Игнатий оставались непреклонными.
Несмотря на требования легатов после собора в частном совещании с Игнатием и местоблюстителями восточных патриархов, несмотря даже на их угрозы Игнатию, местоблюстители признали справедливым, в порядке управления, подчинить болгарскую церковь константинопольской. После отъезда легатов Игнатий отправил в Болгарию греческого архиепископа, который и был там принят, под влиянием В. Македонянина. Вместе с тем из Болгарии были удалены латинские священники. Хотя папа Адриан, узнав об этом, и запрещал Игнатию вмешиваться в управление болгарской церковью, но в Константинополе на это не обращали внимания. Таким образом, утихшие было споры между церквами разгорелись с новой силой, когда Фотий вторично занял престол (879 г.).
Фотий после низложения в 869 году был сослан в заточение. Свое стесненное положение он переносил с необыкновенной твердостью, не переставая восставать против подчинения восточной церкви римской. Он успел даже возбудить к себе сочувствие сторонников Игнатия и самого императора Василия, который призвал его из заточения к своему двору и поручил ему воспитание своих детей. В то же время Фотий помирился с Игнатием. После смерти Игнатия, император предложил Фотию занять патриарший престол. Теперь Василий Македонянин не дорожил своими мирными отношениями к папе, - тем более что бывший в то время папой Иоанн VIII сам был стеснен нападением сарацин на Италию,- и потому, не стесняясь мнением папы, восстановил Фотия. Для снятия осуждения с Фотия состоялся собор (в 879 г.). Папа Иоанн VIII, по просьбе императора, прислал своих легатов. Он согласился признать Фотия патриархом, но поставил условие, чтобы Фотий свое восстановление признал милостью папы и отказался управлять болгарской церковью.