Византийский император Роман Диоген, желая остановить их нашествие на Малую Азию, выступил сам против них с войском; но в 1071 году был разбит наголову в Армении и взят в плен. После этого сельджуки вскоре завладели всей Каппадокией, Киликией, Исаврией, Иконией и другими греческими областями, так что почти вся Малая Азия находилась в их руках. Из этих областей образовалось в Малой Азии сильное Иконийское сельджукское царство, столицей которого была Никея. Таким образом, для греко-восточной церкви были потеряны почти все малоазийские епархии. В то же время сельджуки завладели сирийскими городами - Антиохией, Дамаском и другими, принадлежавшими Византии со времен Никифора, Фоки и Цимисхия. Они даже не раз угрожали осадой самому Константинополю. Владычество турок-сельджуков для христиан было гораздо тягостней, чем владычество сарацин, так как сельджуки были грубее сарацин, нравы которых значительно смягчились вследствие распространения среди них образования.
Турки, по рассказам современников, врывались в дома христиан и грабили их ; врывались во время богослужения в церкви, вскакивали на престолы, опрокидывали и попирали ногами священные сосуды, ругали и били священников и тому подобное. К несчастью, византийские императоры не могли оказать никакой помощи христианам, стонущим под игом турок. Позволяя туркам безнаказанно отрывать от империи целые области, они посвящали все свое время придворным интригам. Только к концу 11-го века восточные христиане получили было некоторую надежду на облегчение своей участи, когда на освобождение св. Земли и Гроба Господня поднялись с запада так называемые крестоносцы. Но и эта надежда не сбылась.
Крестовые походы, вместо ожидаемого облегчения участи восточных христиан, принесли им много зла. До сих пор их притесняли сарацины и турки, теперь же стали притеснять и латиняне. Крестовые походы начались по инициативе пап. Убеждая крестоносцев освободить от власти неверных св. Землю и Гроб Господень, папы имели в виду еще другую цель - распространить, при их пособничестве, свое влияние на востоке и даже подчинить себе восточные церкви. Для пропаганды латинства на востоке и своей власти, они посылали туда, вместе с крестоносными ополчениями, своих епископов, священников и монахов, которые сами лично и с помощью крестоносцев страшно притесняли восточных христиан. Притеснения начались со времени первого же крестового похода (1096 г.). Так, проходя через европейские владения Византийской империи, грубые крестоносцы, подстрекаемые латинским духовенством, с презрением и неприязнью относились к грекам и православной церкви. Были даже случаи ограбления греков крестоносцами. Когда же они пришли в Азию и стали понемногу отнимать у турок греческие области, то своей насильственной пропагандой в пользу латинства и папства совершенно вытеснили православное население востока.
Только благодаря хитрой политике византийского императора Алексия 1-го Комнина, некоторые малоазийские области и города, отнятые крестоносцами у султана, например, Никея, не подверглись влиянию латинян. В Сирии же и Палестине они взяли решительный перевес над православными. Так, завоевав Антиохию (1098 г.), они поставили там своего латинского патриарха и подчинили ему Антиохийскую православную церковь. Патриарх Антиохии, престарелый Иоанн должен был оставить свою кафедру и искать убежища в Константинополе; там он и умер. То же было и после взятия крестоносцами Иерусалима (1099 г.); латиняне и здесь поставили своего патриарха. Православный патриарх Иерусалима, Симеон, подавший первую мысль об освобождении Гроба Господня, был забыт. Он удалился на Кипр и там скоро умер. Хотя православные и выбрали ему преемником Евфимия, но не имея возможности устроить кафедру в Иерусалиме, он все время проживал в Константинополе. Вместе с тем латиняне в завоеванных областях поставили своих митрополитов и епископов: в Вифлееме, Тире, Кесарии, Назарете и других городах. Все они зависели от латинского патриарха в Иерусалиме. При таком усилении латинской иерархии на востоке, естественно, православные монастыри и церкви поступили в их распоряжение.
По праву завоевателей, латиняне считали и все православное население востока принадлежащим к их церкви и, поэтому, требовали от всех безусловного подчинения папе. Если же со стороны православных были попытки восстановить значение православной церкви, то латиняне с негодованием отвергали их. Так было, например, в начале 12-го века, когда Византийский император Иоанн Комнин (1118-1143 г.), просил крестоносцев разрешить жить в Антиохии православному патриарху вместе с латинским. Сами латиняне свидетельствовали об усилении своей церкви на востоке. Во второй половине 12-го века один латинский епископ доносил папе, что церковь их начала процветать на востоке и Господний виноградник начал пускать новые отрасли.