Патриаршая школа была основана патриархом Геннадием вскоре после падения Константинополе. В ней получили начальное образование просвещенные патриархи Максим Философ и Иеремия II. Школа никогда не процветала. Школа в Янине основана во второй половине 17 в. В свое время славилась. В конце 17 века в ней учителем был Мелетий, впоследствии митр. Афинский, автор церковной истории. В 18 веке в ней учительствовал знаменитый Евгений Булгарис, ученый, оказавший большую услугу переводами на греческий язык лучших руководств по богословию и другим наукам. Впоследствии он был в России епископом Славянским и Херсонским. Мосхопольская школа, основанная в 17 в., а в 18-м называвшаяся даже академией; в конце 19 века была уничтожена турками вместе с городом. Патмосская школа была основана в 1711 г. ученым иеромонахом Макарием. Русский паломник Барский с восторгом описывает учительскую деятельность Макария и говорит, что к нему сходились ученики со всех островов и даже из Константинополя и что он воспитал много "премудрых и искусных мужей" из мирян и духовенства. Но после Макария эта школа ничем не славилась. Афонская школа была основана в 1753 г. в Ватопедском монастыре патр. Кириллом V, при содействии духовенства и мирян. Предполагалось, что в школе смогут учиться 500 учеников. Во главе ее был поставлен Евгений Булгарис, при котором она процветала. Но через пять лет, после отъезда Булгариса, школа пришла в упадок, а затем закрылась. В Греции было еще несколько таких школ.
Не удовлетворяясь обучением в греческих школах, более даровитые и состоятельные греческие юноши отправлялись искать высшего просвещения на Западе. Ближе всего была Италия. Там, благодаря греческим ученым, бежавшим из Греции, научная деятельность находилась в хорошем состоянии. Падуанский университет и коллегиум св. Афанасия в Риме, в первые два столетия после падения Константинополя, особенно были ими переполнены. Греки хотели получать образование также в Германии и в других западных государствах. Но, получая его там, они нередко увлекались латинскими или протестантскими воззрениями. Поэтому греки стали стремиться посылать своих молодых людей в русские учебные заведения. В русских духовных академиях, особенно в Киевской, и в семинариях на юге России весьма часто обучались греческие воспитанники и другие православные народности Востока. Им делались разные послабления в учебе и во время обучения предоставлялось полное материальное обеспечение. В русских университетах нередко обучались восточные православные.
Сосредоточением высшего духовного просвещения в греческой Церкви были монастыри. Те из них, которые уцелели от турецкого разгрома, обладали замечательными собраниями древних книг и рукописей. Это, по преимуществу, афонские монастыри. Здесь, в тиши уединения, монахи занимались изучением св. Писания и святоотеческих творений, а также писали богословские сочинения. С 16 по 18 век афонские обители имели в этом отношении особое значение в греческой Церкви. Сюда стремились самые просвещенные из греков, даже те, которые получили образование в западных университетах, и здесь посвящали себя богословской работе. Это, напр., ученые, известные в России, иеромонах Савва, которого вел. кн. Василий III вызывал для разбора своей библиотеки, инок преп. Максим Грек, присланный вместо Саввы, Пахомий Логофет, написавший в России ряд житий святых и другие. Сюда же, на Афон, уходили многие патриархи и архиереи и здесь нередко посвящали себя богословским занятиям.
Вместе с политическим и религиозным возрождением греков в 19 веке значительно возросла роль и их духовного просвещения. На православном Востоке стали появляться духовно-учебные заведения, более или менее организованные и с соответствующим курсом обучения.
Богословское училище Великой Христовой Церкви, в бывшем Троицком монастыре, на о. Халки основано в 1844 г. при константинопольском патриархе Германе IV исключительно для подготовки церковнослужителей высших иерархических степеней. При вступлении воспитанники дают обет посвятить себя духовному служению, и, по окончании курса или раньше, принимают рукоположение. Нарушившие обязательства не получают диплома. Курс в училище семилетний, сходный с курсом русских семинарий. Первые пять лет в основном изучаются общеобразовательные предметы. На двухлетних богословских курсах воспитанники, посвященные в сан иеродиакона, упражняются в составлении и произнесении проповедей, а также преподают в подготовительном классе. Учебный и воспитательный процесс в училище поставлен хорошо. Этим оно обязано, главным образом, своему первому схоларху митр. Константину Типальдосу, который всю свою жизни посвятил делу воспитания и образования юношества.