Из патриархов, боровшихся с иезуитской пропагандой, особенно замечательны константинопольский Иеремия II и Александрийский Мелетий Пигас. Своими поучениями и посланиями они старались разоблачить латинскую пропаганду. Патр. Иеремия, кроме того, на соборе в 1583 г. отверг новый календарь, т. н. григорианский, по имени папы Григория ХIII. Вследствие неурядиц в патриархии после смерти (1584 г.), патр. Иеремии, иезуитам удалось укрепить свои позиции. Они даже привлекли на свою сторону патр. Рафаила II (1603-07), возложившего управление митрополией на униата, через которого вел подозрительную переписку с Римом.
Но в двадцатых годах 17-го века ревностным борцом против иезуитов выступил знаменитый патриарх Кирилл Лукарис, еще по западной Руси знавший происки иезуитов. Он стал рассылать пастырские послания, в которых разоблачал латинян и призывал не иметь с ними общения. Озлобленным иезуитам удалось дважды с помощью больших денег подкупить визиря и добиться низложения Кирилла (1623 г.), а затем его ссылки. Его место получил ставленник иезуитов Григорий. Но он и его преемник Анфим продержались недолго. Посланник английского короля сообщил султану о его просьбе восстановить Кирилла (1624 г.), который опять стал продолжать свою работу против латинской пропаганды. Иезуиты пытались привлечь его на свою сторону, а когда это не удалось, снова подкупили великого визиря. Покровители Кирилла голландский и английский посланники поднесли визирю одинаковую с иезуитами сумму, и Кирилл остался на кафедре. Тогда иезуиты обвинили Кирилла в том, что он печатает книги, направленные против мусульманства. Типография была разрушена правительском. Начальник ее, ученый монах Метакса, спасся бегством. Кириллу пришлось укрыться в доме голландского посланника. Посланники шведский, английский и голландский потребовали от турецкого правительства расследовать дело. Оказалось, что книга, на которую указали иезуиты, была давно напечатана Кириллом в Лондоне и что в других изданиях ничего важного против мусульманства нет. Выяснилось, что иезуиты своими интригами доставляют одно беспокойство турецкому правительству. Последовало распоряжение властей об изгнании иезуитов из турецких городов. Оставили только двух иезуитов при церкви французского посланника. Но иезуитам еще несколько раз удавалось добиваться свержения Кирилла. В 1637 г. Кирилл был восстановлен в пятый раз. Злоба иезуитов на него все усиливалась. В 1638 г., в отсутствие султана Мурада IV, пришло известие, что казаки взяли Азов и уже подступают к Константинополю. Иезуиты убедили визиря, что виной этому патриарх, призвавший казаков. Это было донесено султану, который приказал казнить Кирилла. Он был отправлен, будто бы, в ссылку и на корабле его задушили, а тело бросили в море.
Такой же участи, по интригам иезуитов, подверглись патриархи Парфений I, брошенный в море, и Парфений III - удавленный.
Но зато следующий патр. Парфений IV(1657-60) успешно боролся с иезуитами. С разрешения правительства он рассылал увещательные грамоты о уничтожении книги "Щит веры", привезенной иезуитами из Франции. Православные публично сжигали книгу на рынках.
В 17 веке папы на помощь иезуитам стали отправлять другие ордена. В 1622 г. папа Адриан VI основал в Риме общество распространения католической веры. Оно, между прочим, должно было заботиться об устройстве миссий на Востоке. В 17 и 18 веках в турецкую империю нахлынули миссионеры-монахи различных орденов. Насаждались монастыри, школы. Шла открытая проповедь по городам и селениям, которая сопровождалась раздачей денег. Ложно утверждалось, что константинопольская Церковь находится в единении с Римской. Среди православных началось смущение, в особенности в Антиохии. По этому случаю, патриархи Кконстантинопольский Иеремия III, Антиохийский Афанасий и Иерусалимский Хрисанф были вынуждены созвать собор в Константинополе. На нем был разоблачен латинский дух пропаганды, осуждены 8 пунктов латинского лжеучения: главенство папы, опресноки, чистилище, пост в субботу, отвержение младенцев от причастия, и пр. Соборное определение на греческом и арабском языках было распространено по всему Востоку.
Латинская пропаганда за эти века имела только частичный успех. Все же за время турецкого владычества немало православных на Востоке было совращено, главным образом, в унию, основано несколько епархий, поставлены иерархи и даже патриархи. Но все это еще очень далеко от окатоличения православного Востока. Совращенные составляют небольшое количество по сравнению с общей массой православных и, по своему составу, представляют худших членов Церкви. Латинские епископы существуют больше для католиков, колонии которых остались там еще после крестовых походов или поселившихся впоследствии. Латинская пропаганда не произвела сближения православных с католиками. Напротив, она усилила нерасположение к ним православных.
Попытки латинян к завладению св. местами в Палестине