Действительно, 4 августа 1918 года по указанию московской уездной чрезвычайной комиссии архимандрит Макарий был арестован. При аресте произведён обыск в его покоях и в покоях митрополита Макария, изъяты ценные вещи и документы. Владыка по этому поводу писал: «Жалею, что увезли папки с деловыми бумагами, для них ненужными, а для меня очень дорогими, в том числе и дневники» 63. Были изъяты также церковная кружка с серебряными и медными деньгами на сумму 34 руб. 35 коп. и кредитные билеты на сумму 600 рублей 64. На допросе о. Макарий показал по поводу состряпанных против него обвинений: «Он <Паршин> не предъявил никаких документов. У нас уже был случай, когда один состоятельный человек взял в своё пользование лошадь. И это раньше уже вызвало нарекание со стороны крестьян. По этому поводу с нашей стороны – со стороны монастырских служащих – ничего не было предпринято, никуда никаких людей мы не посылали. И тут, почему получился шум в ограде, не знаю, я вёл службу. Между прочим, я послал своего казначея и отца Сергия в Совет просить для надобностей монастыря хотя бы временно оставить часть лошадей. Против Советской власти я не высказывался и против Совета не призывал. С митрополитом Макарием у меня были лишь отношения чисто служебного характера – ни по каким политическим вопросам не объяснялся. Митрополит Макарий живёт обособлено и, как он ведёт жизнь, не знаю… Больше добавить ничего не могу. Сим обязуюсь явиться по первому требованию, в чём подписуюсь» 65.
Крестьяне, казначей иеромонах Авель, иеродиакон Сергий показали, что никакой агитации настоятелем среди крестьян не велось. К сожалению, многие документы в деле пропали. Нет, к примеру, списка вещей, изъятых при обыске у митрополита и архимандрита. 13 августа 1918 года «за недоказанностью преступления» настоятеля архимандрита Макария освободили из – под ареста и отпустили под подписку о невыезде 66.
Через несколько месяцев после дела с лошадьми монастырь снова подвергся насилию со стороны властей. 22 октября 1918 года митрополит Макарий и вместе с ним архимандрит Макарий подверглись ограблению и страшному унижению. Были снова изъяты различные ценные вещи, а сам владыка избит 67.
Вскоре после Октябрьской революции было закрыто и разорено народное училище при монастыре, где много лет преподавал архимандрит Макарий. Это сделано на основании декрета об отделении церкви от государства, в котором говорилось: «Школа отделяется от церкви. Преподавание религиозных вероучений во всех государственных и общественных, а также частных учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы, не допускается. Граждане могут обучать и обучаться религии частным образом» 68, а также декрета от 16 января 1918 года о передаче всех церковных школ в Комиссариат просвещения. Этим декретом Церковь лишалась всех семинарий, училищ, академий и всего связанного с ними имущества. 3 марта 1919 года Наркомпрос постановил: «Воспретить лицам, принадлежащим к духовенству всех родов, всех вероисповеданий, занимать какие – либо должности во всех школах. Виновные в нарушении сего воспрещения подлежат суду Ревтрибунала» 69. Всё это привело к тому, что в 1919 году здания Николо – Угрешского училища пришли в полное запустение.
Кроме гонений со стороны властей монастырь испытывал и другие трудности. Начался голод. Святитель Макарий (Невский) писал: «Голод здесь весьма чувствуется. В Москву мне не придётся уехать, там тяжкое утеснение. Да и в Угреше не лучше. Братия разъезжается по домам от голода» 70.
Тем не менее, архимандрит Макарий сумел сохранить братию обители. Начиная с 1919 года, детская трудовая колония Наркомфина существовала на территории монастыря совместно с Николо – Угрешской трудовой артелью (общиной монахов). Религиозные общества были лишены прав собственности и прав юридического лица 71. Поэтому архимандрит Макарий с разрешения земельного комитета преобразовал монастырь в трудовую артель монахов с названием «Труд» 72и стал её председателем. Артель с 1 июля 1919 года имела свой устав, была официально признана местными властями и в документах фигурировала как хозяйственная организация 73.
Сохранился «Список братии и живущих при Николо – Угрешском монастыре от 20 марта 1920 года» 74, в котором значатся 57 человек: митрополит Макарий, архимандрит Макарий, игумен Герман 75, игумен Филофей, иеромонахи Иосиф 76, Гурий 77, Антоний, Авель, Акакий, Софроний, Мефодий, Макарий, Вонифатий, Паисий 78, Нафанаил, Никифор, Геронтий, Пафнутий; иеродиаконы Иоанникий, Геннадий, Иосаф, Арсений, Иустин, Даниил 79, Нектарий, Сергий, Игнатий; монахи Сафоний, Андроник, Ипатий, Мелетий, Вадим, Амоний, Филипп, а также послушники Архип 80, Димитрий 81и другие. В сравнении с 1914 годом, когда в монастыре проживало 64 человека братии, в 1920–м году насельников было немногим меньше, если учесть, что некоторые престарелые монахи к этому времени уже скончались 82.