Архимандрит Макарий вплоть до самой смерти святителя глубоко его почитал. Когда митрополит был уже на смертном одре, архимандрит Макарий приехал проститься с ним. По свидетельству сестры милосердия М. Филипповой, бывшей при владыке Макарии, 16 февраля 1925 года состоялось соборование умирающего святителя, которое совершили: архиепископ Иннокентий Бийский, архиепископ Арсений (Жадановский), архимандрит Макарий Угрешский, архимандрит Филарет, протоиерей Сергий Лебедев, о. Сергий Мечёв и другие священники. По её же свидетельству, уже после смерти митрополита из Угреши приходили и служили панихиды у гроба почившего владыки. Архимандрит Макарий присутствовал и на отпевании владыки 97.
В апреле – мае 1925 года братии Николо – Угрешского монастыря пришлось освободить занимаемые кельи, переселиться в бывший скит и окрестные деревни. По свидетельству З.И. Карасёвой, в 1927 году монахи ещё проживали в скиту. После выселения архимандрита Макария из монастыря его принял к себе церковный староста Андрей Андреевич Лобанов, который имел два дома в деревне Александровке, что между деревней Денисьево и монастырём. Дом Лобанова был на месте современного пожарного депо на улице Советской 98, совсем недалеко от обители, ближе к старому кладбищу. Вероятно, это место имеется в виду в докладе о выселении монахов: «Они как вороны обсели монастырь, расселившись по деревням, а архимандрит под самым монастырём у кузнеца…» 99
30 августа 1927 года приказом Хозяйственного отдела ОГПУ помещения бывшего Николо – Угрешского монастыря были переданы трудовой коммуне № 2, куда постепенно перевезли более тысячи беспризорников из Саввино – Сторожевского монастыря. Приказом ВЦИК от 13 декабря 1928 года последняя действующая церковь во имя Петра и Павла была закрыта и её здание передано трудовой коммуне. Монахи были окончательно выдворены из скита, а оставшееся имущество разграблено 100.
В Капотне тогда церковь Рождества Пресвятой Богородицы ещё действовала, но архимандрит Макарий там не служил. Вероятно, он был уже немощен и жил на покое. По свидетельству З.И. Карасёвой, за ним стал ухаживать иеромонах Арсений в домике церковного старосты, а сама она носила им молоко. Смерть, место захоронения и обретение честных останков архимандрита Макария
Архимандрит Макарий (Ятров) преставился ко Господу 6 марта 1931 года. После его смерти встал вопрос о погребении: монастырь закрыт, а на местном кладбище власти запретили хоронить. И тогда бывший церковный староста Андрей Андреевич Лобанов, у которого жил покойный, решил похоронить его при церкви Рождества Богородицы в селе Копотня. Погребение архимандрита Макария осуществили тайно у алтаря церкви с правой стороны, ближе к клиросу. Могильный холмик обложили дёрном, а креста не поставили, чтобы не привлекать внимания. Но верующие люди знали, кто здесь похоронен, и по праздникам приходили на могилу о. Макария.
З.И. Карасёва помнит, что в 1952 году эта могила ещё существовала. Когда в 2003 году Зинаиде Ивановне предложили съездить и указать точное место захоронения, то она по немощи отказалась, но спустя год поездка с Божьей помощью всё же состоялась. Летом 2004 года Зинаида Ивановна побывала возле восстанавливающейся церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Копотне и точно указала место захоронения архимандрита Макария сотруднице монастыря Галине Андреевне Барабановой.
14 сентября 2004 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II под руководством проректора Николо – Угрешской духовной семинарии игумена Иоанна (Рубина) и при участии настоятеля церкви Рождества Богородицы в Капотне протоиерея Димитрия Медведева были начаты работы по обнаружению захоронения последнего настоятеля Николо – Угрешского монастыря архимандрита Макария (Ятрова).
16 ноября 2004 года обретённые останки были осмотрены профессором В.Н. Звягиным (РЦ Судебно – медицинской экспертизы Министерства здравоохранения РФ, Москва). Он описал захоронение так (запись со слов): «Освидетельствование останков архимандрита Макария (Ятрова) становится возможным на основании наличия основных находок в погребении. Это остатки монашеского облачения, постригальный (возможно, кипарисовый) крест, отличающийся хорошей сохранностью. Следует отметить также и наличие основных групповых признаков. По визуальному впечатлению: возраст 60–70 лет, ближе к 70–ти. Внешность очень индивидуальная: слабовыраженное надбровье и надбровные дуги, выпуклый лоб».