Только в 1607 г., стремясь отвлечь православных шляхтичей от участия в рокоше (бунте части шляхты против королевской власти), правительственные круги пошли на незначительные уступки. Сейм принял решение, провозглашавшее прекращение преследований и содержавшее обещание раздавать церковные должности шляхтичам «подлинной греческой веры». Однако это постановление не выполнялось. В частности, епископства король раздавал только униатам, утверждая, что якобы униатство и является «подлинной греческой верой». После смерти Львовского епископа Гедеона Балабана избранному на его место шляхтичу Тисаровскому для получения королевского подтверждения пришлось притвориться, что он согласен стать униатом. Иеремия Тисаровский после того, как умер перемышльский епископ Михаил Копыстенский, остался единственным на Украине православным епископом. Отсутствие православного епископа очень затрудняло организацию противодействия униатам, и это очень хорошо понимали деятели антикатолического движения.
Учитывая активную позицию народных масс, старшина реестрового казачества и часть православных шляхтичей решили поддержать тех деятелей Киевского братства, которые намеревались вопреки позиции польского правительства возобновить православную иерархию, чтобы тем самым создать центр политической и идеологической борьбы против наступления католицизма и унии. В 1620 г. на Украину прибыл иерусалимский патриарх Феофан, возвращавшийся на родину после посещения России. Его встретили казаки во главе с П. Сагайдачным. Патриарха пригласили в Киев, где он остановился при братстве. Феофан подписал подтвердительные грамоты Киевскому братству и его школе, а также некоторым другим братствам.
Буржуазная историография без достаточных оснований изображала инициатором этих актов только патриарха. Факты свидетельствуют о противоположном. Феофан сначала боялся идти против соглашательски настроенной верхушки православной церкви. Поставить православных иерархов он сперва отказывался и пошел на это только под давлением более решительно настроенных общественно-политических деятелей. В братской церкви Феофан возвел в сан киевского митрополита Ивана Борецкого, в предыдущем году избранного игуменом киевского Михайловского Златоверхого монастыря и принявшего монашеский постриг с именем Иов. Архиепископом полоцким и епископом витебско-мстиславским был поставлен известный общественный деятель Мелетий Смотрицкий, перемышльским — Исаия Копинский. Уже по дороге на родину Феофан, пребывая в Зарубском казацком монастыре в Трахтемирове, высвятил владимиро-брестским епископом Иезекииля Курцевича, трахтемировского игумена, воспитанника Падуанского университета. В Белой Церкви состоялось возведение в сан нового луцкого епископа Исаакия Борисковича, а в Животове на Брацлавщине — холмского епископа Паисия Ипполитовича. Все это делалось в условиях строжайшей конспирации, чтобы обеспечить безопасность Феофана и сопровождавших его лиц и дать им возможность успешно завершить начатое дело.
Возобновление православной иерархии — киевской митрополии, включавшей почти все украинские и белорусские земли, вызвало негодование польско-шляхетских властей. Феофана объявили турецким шпионом, было отдано распоряжение арестовать нелегальных, с точки зрения правительства, митрополита и епископов. Поэтому большинство епископов опасалось выезжать в свои епархии и оставалось в Киеве, за которым окончательно закрепилась роль политического и идеологического центра освободительной борьбы украинского народа.
Воссоздание православной иерархии имело серьезное значение для дальнейшего развертывания народно-освободительного движения. Ранее митрополит и епископы ставились только с согласия польского правительства. Назначение же православных иерархов не только без согласия правительственных кругов, но и вопреки их политике было открытым вызовом шляхетско-польскому государству и рассматривалось как попытка образования политического центра, не подчиняющегося Варшаве. Это был также удар по соглашательской политике украинских и белорусских феодалов.
Напуганная «нелегальностью» новой иерархии, часть православных шляхтичей прилагала все усилия, чтобы добиться признания ее польским правительством. При этом выдвигался аргумент, что только легализованная иерархия может быть превращена в орудие проправительственной политики. Некоторые же из шляхетских политиков использовали сеймовую трибуну для разоблачения реакционно настроенных украинских феодалов.
Однако и самые радикальные из православных шляхтичей, как правило, стремились оставаться в рамках легальности. На варшавском сейме 1620 г. известный шляхетский политик, способный оратор Лаврентий Древинский обратил внимание правительства и шляхты на то, что, угнетая украинское население, Польша не может рассчитывать на помощь с его стороны в войнах с другими государствами.