Население встречало Орлика дружественно. Правобережные полки за исключением Белоцерковского перешли на его сторону. На Левобережье тоже было неспокойно. Орлик обратился к Скоропадскому с предложением передать ему титул единого гетмана. Скоропадский на это не пошел, хотя во многом разделял взгляды «мазепинцев». Догадываясь об этих настроениях, Петр приказал привезти жен Левобережной (т. е. «верной») старшины, включая гетманшу, в Глухов и держать их там как заложниц. Генерал-губернатор Киева Д. М. Голицын сделал то же самое с женами Правобережных полковников.
Положение Орлика усложняло то, что союзные ему поляки настаивали, чтобы Правобережье осталось за Речью Посполитой. Поход крымского хана на Слободскую Украину, несмотря на поддержку местного населения, закончился провалом, но в битве под Лисянкой в марте 1711 г. генеральный есаул Скоропадского И. Бутович был разбит и сдался в плен. Орлику удалось подойти под Белую Церковь и осадить ее. Три дня штурмов ничего не дали. В условиях приближения царских войск татары начали отступление, грабя и насилуя население. Силы Орлика таяли, у него оставалось не более двух тысяч. К апрелю гетман с запорожцами вернулся в Бендеры.
Великий визирь с основной армией в конце марта выступил из Стамбула. Навстречу ему шел Петр I. Прутский поход завершился для русской армии провалом. Чудо и деньги спасли Петра от позорной капитуляции. По условиям Прутского мира Петр отказался от Правобережья. Россия теряла контроль над Запорожьем, лишалась Азова, Таганрога, Каменки и самарских крепостей. Туманная фраза оговаривала судьбу Левого берега Украины.
В результате дальнейших переговоров с русской делегацией и параллельно – с представителями Орлика, 16 марта 1712 г. турецкий султан выдал Орлику привилей на владение Правобережной Украиной без Киева. Но уже в апреле того же года был подписан Константинопольский мирный договор с Россией, признавший большинство положений Прутского. Россия отказывалась от притязаний на Правобережье (которое оставалось за Речью Посполитой) и Запорожье, но за ней остались Левобережная Украина и Киев. После этого влияние Орлика стало полностью иллюзорным, а его титул гетмана – формальным.
Реформы по ликвидации Украинского гетманства
Сокращение автономии Украинского гетманства. И. Скоропадский.
С момента своего назначения гетман И. Скоропадский находился под постоянным строгим надзором специально приставленного к нему резидента. В тайной инструкции тому поручалось иметь неослабное наблюдение за гетманом и старшиной и в случае измены или восстания принимать меры к подавлению его великорусскими войсками. Год спустя вместо одного такого резидента было назначено два. Гетманская резиденция по распоряжению правительства была перенесена в Глухов, ближе к русской границе, где для контроля за Скоропадским были размещены два пехотных полка.
После Полтавской битвы под давлением старшины Скоропадский обратился к царю с просьбой подтвердить старые «вольности». Гетман также предложил новые статьи (из 14 пунктов). В ответ Петр указом от 31 июля 1709 г. подтвердил старые права и вольности, но никаких новых статей утверждать не стал.
Царские власти все более активно вмешивались в дела внутренней автономии Украинского гетманства. Именно при Скоропадском Петром была впервые введена практика назначения на полковничьи должности не украинцев. Первым стал серб М. Милорадович, которого Петр сделал Гадяцким полковником, вторым П. Толстой (сын сенатора П. Толстого), получивший должность Нежинского полковника.
В этот же период Петр инициировал невиданную прежде практику массовых пожалований украинских имений русским вельможам. Так А. Д. Меншиков получил все владения Мазепы. Украинские имения получил и Г. Ф. Долгорукий, а также другие сановники, в том числе киевский генерал-губернатор Д. Голицын. Казаков все чаще использовали при строительных работах. В 1716 г. 10 тысяч казаков были направлены копать Волго-Донской канал. В 1718 г. казаки строили укрепления вдоль Терека на Кавказе. В 1721–1722 гг. 20 тысяч казаков участвовали в сооружении Ладожского канала. Все эти работы казаки должны были осуществлять за свой счет, без поддержки со стороны государства. В условиях тяжелого и непривычного климата до 30 процентов из них умирало.
Петр обрушил репрессии на Киево-Могилянскую академию, видя в ней рассадник вольнодумия. Все студенты с Правобережья были высланы за пределы страны. В результате, число обучающихся снизилось с 2000 до 161 человека. Было запрещено печатать в Украине любые книги кроме церковных, согласованных с Духовной академией.
Украинские деятели, в том числе – религиозные – были теперь у Петра под постоянным подозрением, особенно после того как в дело царевича Алексея оказались замешанными Стефан Яворский, киевский митрополит Иосаф Краковский, архимандрит Иоанникий Сенютович. Алексей даже признал, что писал к митрополиту Иосафу в Киев, прося его поднять восстание в Украине.