Украинское барокко оказывало большое внимание на Россию. Многие дети петровских сановников учились в Киевской академии. Сам Петр, вернувшись из Великого посольства, объявил патриарху о необходимости обучать священников в Киеве и начал раздавать украинцам архиерейские места. В 1700 г. Стефан Яворский стал местоблюстителем патриаршего престола, он также возглавил Греко-славянскую академию в Москве, которая переделывалась на манер Киево-Могилянской, с привлечением украинских профессорских сил. В 1700 г. рязанским митрополитом стал Дмитрий Туптало. Яворский активно продвигал на ключевые позиции Российской империи представителей украинского просвещенного духовенства, которые открывали школы, распространяли труды своих учителей, пропагандировали образование и науку. Одна из таких школ была открыта епископом В. Волстковским в Холмогорах, и именно там начал учиться великий М. Ломоносов, познакомившись с «Грамматикой»
М. Смотрицкого и «Арифметикой» Л. Магницкого. Огромную роль в формировании идеологии Российской империи сыграл другой украинских духовный деятель – Феофан Прокопович.
Правобережная Украина
Одним из лидеров Правобережного казачества во времена его восстановления Яном Собеским был Фастовский полковник Семен Палий, который активно занимался заселением безлюдных территорий края. Начинает формироваться так называемая «Палиивщина», территория от Полесья до Дикого Поля, управлявшаяся Палием по установленным им «казацким законам». Вернувшаяся было в этот район польская шляхта столкнулась с ожесточенным сопротивлением крестьян, которые «показачивались», переставали платить налоги и работать на панщине.
Палий еще в 1688 г. обратился к царям с просьбой разрешить переселиться в пределы Московского государства, однако там опасались разрыва мирных соглашений с Речью Посполитой. Палий, находясь в очень напряженных отношениях с польскими властями, участвовал в военных операциях Мазепы и поддерживал постоянный контакт с Москвой. В 1692 г. Палий участвовал в походе на Очаков, завершившимся очень удачно. Полковник приобрел большое уважение и поддержку на Запорожье, а также в Крыму, где появились планы привлечь его на свою сторону.
В 1699 г. после заключения мира между Речью Посполитой и Турцией польский сейм принял решение о ликвидации казачества на Правобережье. Гетман Самусь, полковники Палий, Искра и другие правобережные старшины получили приказ распустить своих казаков и уйти из частных и королевских владений. Палий отказался подчиниться. Запершись в Фастове, он отбил атаку польских войск. После этого в руках Палия фактически оказались Брацлавское и Киевское воеводства.
Важным событием для Правобережья стало восстановление в 1700 г. усилиями И. Мазепы Переяславской епископии, которую возглавил Варлаам Ясинский. Был возрожден заброшенный правобережный Трахтемировский монастырь – место, где еще в XVI веке начиналось реестровое казачество, и находилась первая официальная резиденция гетмана.
Летом 1702 года Подолию и Брацлавщину охватило массовое восстание. Крестьяне сжигали свои дома, убивали поляков и шли в казацкие полки Самуся и Искры. В ноябре ими была взята Белую Церковь. После этого польская власть на Подолии и Брацлавщине была ликвидирована, а на Волыни и в Голиции проходили массовые восстания крестьян. Опасаясь поссориться с Августом II, Петр приказал поставить у Днепра «крепкие и частые караулы», чтобы никто не мог убежать к Палию.
Северная война
С самого начала Северной войны украинские войска приняли в ней активное участие. В боях под Нарвой 1700 г. погиб наказной гетман, племянник Мазепы И. Обидовский.
Лучшая европейская армия оказалась крайне сложным противником для казаков, потребовавшим перестройки полков, введения муштры, назначения иностранных командиров и т. д. Служба была очень тяжелой, фуража и продовольствия не было, в псковской земле казаков, добывавших провиант и корма, избивали. Сразу же начались конфликты гетманских офицеров и казаков с российским командованием, побеги, неудовольствие.
Весной 1701 г. казаки выступили в Лифляндию. В сражении при Эрестферской мызе был разбит шведский генерал Шлиппенбах, взят Юрьев (Тарту). Казаки получили большую добыч, но ее у них отбирали русские офицеры. Это вызывало новое недовольство слу жбой, а так же – гетманом. В конце второго года войны массовые выступления казаков приобретали уже весьма угрожающий характер. К тому же подняли бунт запорожцы, заключившие союз с Крымом.
В июле 1703 г. казаки были отправлены в Белоруссию к Быхову и Могилеву, чтобы не дать польским сторонникам шведов укрепиться в них. К Быхову прибыл отряд Стародубского полковника Миклашевского с 12 000 казаков. Осада прошла удачно, и 12 октября комендант сдался.
Присоединение Правобережья
В начале 1704 г. Самусь и Искра перешли на Левобережье и отдали свои гетманские клейноды Мазепе. Раскол в Речи Посполитой между сторонниками Августа и Лещинского создавали удобный повод для военного вмешательства.