Тем не менее, наступление Германии и ее союзников продолжалось. 6 октября под Осипенко (Бердянск) в «котел» попали более 100 тыс. солдат 18-й и 9-й армий. Немцы двинулись на Ростов и в Крым, осадив Севастополь. Советское командование пыталось активно сопротивляться в Крыму. 26 октября — 30 декабря 1941 г. высадившиеся со стороны Тамани советские войска отбили у противника Керчь. Однако в мае 1942 г. советский Крымский фронт был разгромлен, а керченский плацдарм ликвидирован.
Несмотря на провал блицкрига против СССР и поражение под Москвой, Германия сумела вернуть себе стратегическую инициативу. Попытка советского Юго-Западного направления под командованием С. Тимошенко развернуть наступление в районе Харькова 12 мая 1942 г. кончилась катастрофой. Войска 6-й армии генерала Ф. Паулюса остановили наступление, а 17 мая клинья войск фельдмаршала Э. Клейста ударили во фланг и тыл Юго-Западного фронта и 23 мая окружили трехсоттысячную группировку РККА. К 29 мая из окружения вышло только 27 тыс. человек. Советские потери составили 267 тыс. человек. Это позволило немцам 28 июня перейти в наступление на южном участке фронта. Германские войска и их союзники двинулись на Дон, Кавказ и Волгу. Они также ликвидировали советские плацдармы на Керченском полуострове (9 мая 1942 г.) и в Севастополе (4 июля 1942 г.). 22 июля 1942 г. противник занял последний город Украины Свердловск Ворошиловградской области.
Германия и ее союзники разделили Украину на несколько частей.
1 августа 1941 г. Восточная Галиция была присоединена к Польскому генерал-губернаторству. 20 августа был создан Рейхс комиссариат «Украина», территория которого делилась на 6 округов. Резиденцией рейхскомиссара Э. Коха стал г. Ровно. Рейхскомиссариат расширялся по мере продвижения германской армии на восток, но так и не занял всю территорию Украины — тылы вермахта находились в управлении военных комендатур. В сентябре 1942 г. рейхскомиссариат имел население 16,9 млн. человек. Затем в состав рейхс комиссариата была передана еще часть Левобережья и север Крыма.
Румыния присоединила территории, которые контролировала до 1940 г. Но королевство претендовало на большее. 30 августа территории между Днестром и Южным Бугом под названием «губернаторство Транснистрия» с центром в Одессе были переданы под контроль Румынии (с перспективой присоединения после войны). Губернатором был назначен гражданский профессор Г. Алексяну, который действовал так, как будто Транснистрия уже стала частью Румынии. Но на территории губернаторства платежным средством являлась немецкая марка. Диктатор Румынии Й. Антонеску не спешил с формальным присоединением Транснистрии до конца войны.
Во время оккупации были возобновлены службы в ранее закрытых православных и униатских храмах. В то же время за период оккупации было разрушено и осквернено 1670 церквей.
На Западе Украины наибольшим влиянием среди верующих пользовалась Греко-католическая церковь во главе с митрополитом Андреем (Шептицким) (предстоятель в 1900–1944 гг.). ГКЦ располагала 4400 храмами. Позиция церкви в отношении оккупантов была двойственной. С одной стороны, священники прятали евреев от террора, с другой — были капелланами в дивизии СС «Галичина».
Летом 1941 г. была создана Автономная православная церковь Украины во главе с архиепископом Алексеем (Громадским). Она признавала верховенство Московской патриархии. В АПЦ было около 5600 приходов.
С разрешения властей 8-10 февраля 1942 г. в Пинске прошел собор Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ) во главе с митрополитом Поликарпом (Сикорским). УАПЦ развернула работу по сбору средств в помощь украинским пленным, но также содействовала и германским мероприятиям по отправке рабочей силы в Германию. УАПЦ имела около 500 приходов.
8 октября 1942 г. была предпринята попытка объединения УАПЦ и АПЦ, но против нее выступила как часть епископата, так и оккупационные власти. 16 декабря 1942 г. архиепископ Алексей отозвал подпись под актом об объединении.
В Германском руководстве шло обсуждение послевоенной судьбы региона — прямое управление немцев и колонизация (А. Гитлер, Э. Кох и др.) или украинизация, направленная на вытеснение русских дальше на восток украинцами (А. Розенберг). Гитлер счел, что Украина должна быть колонизована немцами. Планировались массовые депортации славянского населения с Украины на восток.
Рейхскомиссар Э. Кох счел, что для детей местного населения достаточно обучения в 4-хклассных школах. На частной основе работали платные школы-семилетки. Действовали просветительские организации («Просвита», Украинские образовательные общества и др.), которым оказывали поддержку украинские националисты. Оккупанты относились к просветительской деятельности с подозрением, тем более, что националисты использовали ее в целях пропаганды самостоятельности.