Новым импульсом обострению отношений между Москвой и Киевом дала послужила ликвидация совнархозов и возвращение к отраслевому принципу управления промышленностью. Это было сделано в 1965 г. несмотря на то, что республиканские власти были недовольны явным ограничением своих полномочий. Внешне все выглядело благополучно. Октябрьский (1965 г.) пленум ЦК Компартии Украины одобрил ликвидацию совнархозов, как решение, имеющее «исключительно важное политическое и народнохозяйственное значение». Но в повседневной практике отношений с центральными партийными и государственными органами СССР П. Шелест нередко, как утверждают украинские историки и он сам в своих воспоминаниях, проявлял упрямство и несговорчивость, отстаивая свои представления о социально-экономическом и культурном развитии республики.
Показательна в этом отношении история с подготовленной им в январе 1968 г. запиской в Политбюро ЦК КПСС, касающейся перспектив развития добычи нефти и газа в Украинской ССР.
В ней он писал: «Принимая во внимание наличие огромных промышленных запасов этих видов топлива в центре развитой промышленности и густонаселенных районов Европейской части СССР, а также низкую себестоимость добычи и транспортировки нефти и газа потребителям, относительно небольшие капиталовложения для развития этих отраслей и ряд других позитивных экономических и технических факторов, создались очень благоприятные условия для ускоренного развития нефтяной и газовой промышленности в Украинской ССР».
И далее: «Мы считаем, что при соответствующей помощи добыча этих видов топлива на Украине по ориентировочным подсчетам может быть увеличена: нефти с 12 млн. тонн в 1968 г., до 22 млн. тонн в 1975 г. и 36 млн. тонн в 1980 г.; природного газа, соответственно, с 51 млрд, кубометров до 70 млрд, кубометров в 1975 г. и 90 млрд, в 1980 г.».
С точки зрения сегодняшнего дня очевидно какого уровня и значения вопрос для Украины поднимал украинский руководитель. Приоритетное развитие добычи энергоносителей в Украине, за которое он ратовал, имело в виду и фактически предполагало увязку ее с наращиванием переработки получаемых нефти и газа, ориентации ее кратного увеличения на промышленное развитие.
В Москве же, судя по реакции на записку и последующим событиям, смотрели на проблему и уже, и шире одновременно. Уже, потому что рассчитывали значительно улучшить снабжение населения товарами и продуктами за счет импорта, обеспечиваемого продажей нефти и газа из гигантских месторождений в Западной Сибири. Шире, потому что по-прежнему побаивались того, что с ростом своего промышленного потенциала украинское руководство станет еще менее послушным и сговорчивым.
В личной политической судьбе П. Шелеста эти разногласия остались в тени. На первый план были выдвинуты и вменены ему в вину «ошибки» в национальной политике. Он, действительно, приветствовал и опекал вторую в XX в. попытку украинского национально-культурного возрождения. На V съезде писателей Украины в ноябре 1966 г. и в речи в Киевском университете в 1968 г. он ратовал за повышение статуса украинского языка. Он поддержал предложение о создании мемориала на о. Хортица — историческом центре украинского казачества. В 1970 г. была издана его книга «Украина наша Советская», в которой в очень острожной форме обозначались некоторые проблемы развития украинской культуры.
П. Шелест, конечно, не был ни диссидентом, ни украинским националистом. Он был типичным партийным руководителем, с авторитарными привычками, но он не вписывался в формировавшийся Л. Брежневым и его соратниками стиль партийного руководства, сочетавший в себе элементы культа вождя, но уже без ригоризма, аскетизма и народности.
Часто используемое для этого времени определение «неосталинизма» представляется совершенно несостоятельным по существу. И. Сталин сумел поставить себя над всеми своими соратниками, противопоставив их народу, от имени которого лишь он один имел право выступать. Л. Брежнев опирался на «номенклатуру», наполняя ее лично преданными ему людьми. П. Шелест, однажды уже изменивший выдвинувшему его Н. Хрущеву, такими качествами в глазах Л. Брежнева не обладал и потому попытался повторить сталинский политический прием в одной отдельно взятой республике — УССР. Сделать это ему не удалось, и 24 мая 1972 г. он был заменен на высшем партийном посту в УССР более дисциплинированным, более современным и, главное, лично известным Л.Брежневу по совместной работе в Днепропетровске В. Щербицким.
В апреле 1973 г. в журнале «Коммунист Украины» появилась критическая рецензия на книгу П. Шелеста «Украина наша советская». Как выяснилось позднее, еще 22 февраля 1973 г. Политбюро ЦК Компартии Украины приняло постановление, в котором обвинило бывшего своего руководителя в национализме. Вскоре он был выведен из состава Политбюро ЦК КПСС и отправлен на пенсию. Возвращаться в Украину ему было запрещено. П. Шелест прожил в Подмосковье до 1996 г. и «возвратился» в Киев только прахом на центральное городское Байковое кладбище.