Ситуация вышла из-под контроля и в феврале 1658 г. произошло первое открытое столкновение восставших с войсками Выговского. Гетманская власть держалась на волоске. В этих условиях И. Выговский заключил тайное соглашение с воеводой Б. М. Хитрово, практически согласившись на сильное ограничение автономии Украинского гетманства и переподчинение киевского митрополита Московскому патриарху. Но неожиданная опала патриарха Никона, пользовавшегося большим авторитетом и влиянием среди старшины и духовенства Украины и озабоченность Москвы внутренними проблемами, сорвали исполнение этого соглашения. Выговский был напуган, а русские власти не реагировали оперативно на события в гетманстве.
Только в июне 1658 г. Г. Г. Ромодановский получил, наконец, приказ оказать поддержку Выговскому. Но было поздно — гетман уже призвал на помощь орду и в битве под Полтавой разбил войска восставших. М. Пушкарь был казнен.
Отчаявшись получить помощь в Москве. Выговский для спасения своей булавы пошел на договор с Польшей, попытавшись добиться условий конфедеративного союза. Любой другой союз казаки, ненавидевшие поляков, просто бы не приняли. Существование в Речи Посполитой группы магнатов, выступавших за наделение казаков равными со шляхтой правами и рядом других привилегий, делали такие планы не совсем призрачными. Например,
По сути, первая редакция Гадячского договора — в том виде, в каком он был подписан, была попыткой сохранить автономию Украинского гетманства и даже получить гарантии ее укрепления. Выговский здесь выступал как приемник политики Б. Хмельницкого и лидер государственной группировки. Одной из первых задач, которую он со своими единомышленниками ставил перед собой, было юридическое оформление гетманства как такового и закрепление его статуса. Именно тогда, в конце 50-х годов XVII в. возникла идея создания Княжества Руського. Речь шла о превращении Речи Посполитой в государство «трех народов».
Гадячский договор был заключен 16 сентября 1658 г. Соглашение включало в себя образование Княжества Руського в составе Брацлавского, Киевского и Черниговского воеводств, выпуск собственной монеты, создание сейма, уничтожение унии и предоставление широких привилегий православию, сохранение реестра в 60 тысяч человек, свободное избрание гетмана и даже — сохранение союза с Москвой. Отдельные статьи оговаривали учреждение академий, школ, библиотек и типографий.
Однако под влиянием польской шляхты и сильного давления со стороны Ватикана, сейм в мае 1659 г. принял Гадячский договор в более чем урезанном виде. Идея Княжества Руського вообще была выброшена. равно как и сохранение союза с Москвой. Отменялась ликвидация унии и ряд других позитивных статей. Решение сейма стало крахом гетманства Выговского.
Между тем началось наступление русских войск на Левобережье. Цветущий край был опустошен «огнем и мечом». Кровавые бои между русскими и украинцами продолжались до февраля 1659 г., когда боярину и наместнику А. Н. Трубецкому был дан тайный наказ начать переговоры с Выговским, предлагая условия Гадячского договора. Однако русские воеводы предпочитали переговорам с несговорчивым гетманом войну. Они дали вождю радикальных элементов запорожскому кошевому атаману И. Беспалому титул гетмана Войска Запорожского, начав тем самым эпоху «многогетманства». Казаки Беспалого грабили и своевольничали, не подчиняясь приказам русских. Сторонники Вы-говского были осаждены в Конотопе, где 70 дней отражали все штурмы. На выручку к ним отправился сам гетман
Однако победа не спасла Выговского. Перед лицом возможных массовых выступлений против Гадячского договора. Левобережная старшина предпочла искать соглашения с московскими воеводами. Т. Цицура и В. Золоторенко практически сдали все Левобережье воеводам Г. Г. Ромодановскому и А. Н. Трубецкому, претендуя в награду за это на гетманскую булаву. В этих условиях Правобережная старшина принесла Выговского в жертву. Его лишили булавы на генеральной раде 23 сентября 1659 г., и новым гетманом избрали сына любимого в народе «батьки» Хмельницкого — Юрия. Этим был предотвращен раскол гетманства, т. к. лидеры Левобережья и русские воеводы предпочли искать с ними соглашения, чем начинать новую тяжелую войну.