Под влиянием непопулярного Чудновского договора в гетманстве происходит раскол. Два шурина Б. Хмельницкого —
Почти три года на Левобережье продолжалась борьба за власть и волнения черни. Московские власти, не располагая после Чудновской катастрофы достаточным военным ресурсом, занимала выжидательную позицию, оттягивая избрание гетмана в надежде на обращение Ю. Хмельницкого или на мир с Речью Посполитой. Но пока Сомко и Золоторенко боролись за булаву, очерняя друг друга в глазах русских воевод, нашелся еще один кандидат в гетманы — Иван Брюховецкий, кошевой атаман, выходец из гетманских слуг. Ему удалось зарекомендовать себя в глазах московских воевод как преданного сторонника русской партии.
Играя на настроениях показаченных масс, Брюховецкий потребовал всеобщей «черной» рады для избрания гетмана. Она состоялась 26–27 июня 1663 г. в Нежине. При попустительстве русских воевод (у князя Д. Великого-Гагина имелось 8 тысяч стрельцов, чтобы контро-лировать ситуацию) сторонники Сомко и Золоторенко были убиты, а самих полковников приговорили к смертной казни. Брюховецкий был провозглашен гетманом Левобережной Украины. Анархическое крыло одержало победу.
После провала попытки летом 1662 г. силой подчинить себе Левобережье, Юрий Хмельницкий был морально сломлен, отказался от булавы и принял постриг. В январе 1663 г. на Чигиринской раде Правобережным гетманом был избран Павел Тетеря, блестяще образованный юрист пропольской ориентации. Для усиления своего положения в феврале 1663 г. он женился на дочери Б.Хмельницкого, Елене. В марте его признало польское правительство, и Тетеря начал планировать поход на Левобережную Украину для объединения ее под единой булавой.
В этой последней попытке силой захватить Левый берег Украины, приняли участие польские войска под командованием самого короля Яна Казимира (35 тысяч), а также казаки Правого берега (15 тысяч). Тетеря в поход не пошел, но назначил наказным гетманом (т. е. командующим в условиях похода) знаменитого И. Богуна.
Начало похода ознаменовалось для поляков огромными военными успехами. К ним присоединился крымский хан (20 тысяч), а казацким войскам под командой Богуна охотно сдавались украинские местечки.
Но за внешними успехами поляков скрывался тайный заговор правобережной старшины. Они намеренно призывали горожан Левобережья легко «сдаваться», оставляли в городах только небольшие польские гарнизоны и создавали плацдарм для восстания. Первым неприятным для поляков сигналом стало избрание в ноябре 1663 г. киевским митрополитом враждебно к ним настроенного Иосифа Тукальского. А уже через несколько недель антипольское восстание охватило не только Правобережье, но и те Левобережные земли, на которые уже вступили войска Яна Казимира.
23 января 1664 г. началась осада Глухова. Город отчаянно сопротивлялся. Как потом стало известно. Богун тайно снабжал защитников порохом, сообщал им о подкопах и времени атак. В результате штурма поляки потеряли около 4000 человек и 200 офицеров. Осада Глухова затянулась на две недели и остановила продвижение всех коронных войск. Именно эта задержка позволила разгореться восстанию на Левобережье. создав крайне тяжелую ситуацию в тылу у поляков. 24 января Ян Казимир начал отступление. Во время остановки под Новгород Северским, в деревне Комань во время попытки ареста поляками был убит Иван Богун.
В то время как на Левобережье разворачивался эпилог военной части похода, на Правобережье тоже полыхало восстание. В нем участвовали многие известные казацкие лидеры, но особая роль принадлежала бывшему гетману И. Выговскому. Забыв обиды и разногласия, он активно подключился к борьбе. После раскрытия заговора, 16 марта 1664 года, несмотря на свое звание сенатора Речи Посполитой, Выговский был расстрелян поляками без суда и следствия.
Отступление поляков из Левобережной Украины происходило очень тяжело, под постоянными нападениями. 13 апреля Ян Казимир прибыл в Могилев, а в первых числах мая — в Вильно.
Правобережная старшина, та, что уцелела после расправы поляков, выдвинула на польский сейм наказ, тринадцать пунктов которого касались положения православной религии, возвращения имений и церквей, забранных униатами, православного статуса академии и школ в Киеве, подчинении киевского митрополита Константинопольскому патриарху. В нескольких других пунктах содержалась попытка приблизить положения казаков до шляхетского. Во всем остальном влияние гетманской власти на Правобережье сводились до минимальных размеров.