Пик влияния в регионе Литовской Руси выпадает на годы княжения Витовта. В 1420-х гг. тверские и рязанские Рюриковичи пребывали с ним в союзе, а в сфере его политического влияния находились Крымская и Заволжская орда, Московское княжество, Псков и Новгород. Наследник Витовта, Казимир Ягайлович, заключив соглашения с Псковом, Новгородом и Тверью, подтвердил претензии Великого княжества на Востоке. Впрочем, усиление натиска со стороны крымских татар, побуждаемых правителем Жамойтии Михаилом Сигизмундовичем, претендовавшим на возвращение всего наследства Кейстутовичей, угроза со стороны Тевтонского ордена — все это вместе вынуждало Казимира пойти на уступки Москве. В 1449 г. он подписал с внуком Витовта великим московским князем Василием Темным соглашение о разграничении сфер влияния. Согласно договору Москва обязывалась не вмешиваться в смоленские дела, а Вильно — не вступаться за Новгород, Псков, Ржев. Стороны договаривались также не принимать князей-перебежчиков. Для Великого княжества Литовско-Русьского договор 1449 г. стал поворотным моментом в его восточной политике. Вильно отказывалось от активности в этом направлении и, по сути, развязывало руки Москве. Кроме того, пассивность Великого княжества на Востоке ослабляла позиции его давнего союзника — Золотой Орды, благодаря чему в 1480 г. Московская держава сумела окончательно сбросить зависимость от Сарая.
Затухание активности Великого княжества Литовско-Русьского, совпавшее с возрастанием могущества Великого княжества Московского, привело к неизбежным территориальным потерям. Уже в 1478 г. великий московский князь Иван III, принявший титул «государя всея Руси», потребовал от Казимира Ягеллончика передачи ему Полоцка, Витебска, Смоленска и других городов княжества, рассматривая их в качестве утраченного древнерусского наследия. С конца 80-х гг. московские ратные люди без оглашения войны начинают планомерно вторгаться в «литовские» города, которые великокняжеская власть не спешит защищать. Открытую войну за «вотчину» Москва начинает после смерти Казимира Ягеллончика в 1492 г.
Особый колорит этой войне придает то обстоятельство, что на порубежных с Москвой землях Великого княжества было немало князей-перебежчиков из династии Рюриковичей. Мелкие княжества Чернигово-Северщины, возглавляемые представителями давних родов Воротинских, Верейских, Щемячичей, Можайских, имели в пределах Великого княжества Литовско-Русьского по сути статус полусамостоятельных княжеств.
Сохранение верности великому князю литовскому обуславливалось предоставлением им военной защиты. Когда такой защиты не последовало, а давление со стороны Москвы усилилось, Рюриковичи один за другим признали верховенство великого московского князя. В результате этого земли в верховьях Оки и значительная часть Чернигово-Северщины перешли под власть Ивана III.
Для того чтобы сдержать давление со стороны Московского княжества, литовский князь Александр Казимирович идет на серьезные уступки Ивану III. В частности, в 1494 г. он инициирует династический брак с дочерью великого московского князя, признает за Иваном III титул «государя всея Руси», заключает с ним мирный договор, закрепляющий за Москвой территориальные приобретения. Вместе с тем Александр стремится создать антимосковскую коалицию в составе Литвы, Польши и Заволжской орды, а также консолидировать подданных внутри страны, внедрив церковную унию католиков и православных.
Впрочем, последнее обстоятельство провоцирует конфликт с православной знатью княжества, используя который, весной 1500 г. Иван III вводит войска на земли Чернигово-Северщины. Учитывая, что союзник московского князя хан Менгли Герей разбил заволжского хана Шах-Ахмата (союзника Александра Казимировича), после чего вторгся в пределы Волыни и Берестейщины, шансы Вильно противостоять Ивану III были незначительными. В течение нескольких месяцев власть великого князя московского признали жители Серпейска, Путивля, Стародуба, Любеча, Гомеля, Новгород-Северского, Рильска. Новые территориальные приобретения Москвы закрепило перемирие 1503 г.
Перемирие было подписано на шесть лет, однако вопрос о его пересмотре встал уже в 1506 г., когда после смерти Александра Казимировича великокняжеский стол занял его брат Сигизмунд I. Именно он выдвинул великому князю московскому Василию ІІІ Ивановичу ультимативное требование вернуть захваченные прежде земли. Москва отклонила ультиматум, и с весны 1508 г. Вильно начал подготовку к войне. Впрочем, Василию Ивановичу удалось опередить противника и первому выступить в поход против неприятеля.
К тому же на Киевщине против Сигизмунда I поднимает восстание влиятельный аристократ, маршалок двора Александра Казимировича князь Михаил Глинский. Потомок татарского рода Мамаевичей, Глинский был богат, по-европейски образован, служил при дворе императора Максимилиана. В 1506 г. он одержал первую серьезную победу княжества над Крымской ордой. После смерти Александра Казимировича безуспешно претендовал на великокняжеский стол.