Первый же призыв казаков на службу королю состоялся в 1572 г., когда 300 человек были записаны в реестр. Кроме определенной денежной платы за свою службу, казаки-реестровцы выводились из-под юрисдикции местных старост и судебных органов, подчиняясь только старшему реестра. Старший, или гетман реестровцев, пребывал в непосредственном подчинении коронного гетмана. Дальнейшему развитию казацкой корпорации способствовали реформы, проведенные королем Стефаном Баторием в 1578 г. Готовясь к войне с Москвой, король увеличил реестр до 530 человек, поставив во главе его князя Михаила Вишневецкого. В благодарность за активное участие в войне Баторий определил казацкой резиденцией город Трахтемиров под Каневом. Там должны были разместиться казацкий госпиталь, а также войсковые регалии (клейноды) — малиновая хоругвь, печать, булава, бубны и литавры.
В последующие десятилетия количество реестровцев постоянно увеличивалось, и на 1590 г. в реестр было вписано уже тысячу человек.
Предоставление казачеству прав сословной автономии положительно сказалось на дальнейшем формировании его сословного сознания. Однако численность казаков, которые не вошли в реестр, во много раз превышала численность реестровцев. Поэтому предпринятые властью меры никоим образом не могли погасить конфликт. Неготовность же Варшавы проводить последовательную политику в отношении казачества провоцирует серьезное противостояние, вылившееся в серию казацких восстаний и войн, повлекших за собой существенное ослабление государства, а также значительные территориальные его потери.
Первым серьезным выступлением казачества против существующих порядков стало восстание, поднятое в 1591 г. «старшим» казацкого реестра Криштофом Косинским. Глубинные причины вооруженного конфликта крылись в нежелании власти признать казачество отдельным рыцарским сословием. Быстрому же вызреванию конфликта способствовала угроза войны Речи Посполитой с Османской империей. Готовясь к войне, сейм 1590 г. принял решение о наборе на службу двадцати тысяч казаков. Часть казацкой старшины на сейме была нобилитирована и пожалована поместьями. Впрочем, когда Стамбул, обеспокоенный военными приготовлениями Речи Посполитой, согласился на мирное разрешение конфликта, Варшава с готовностью откликнулась на мирные предложения. А разменной монетой при достижении соглашения стало казачество. В частности, руководство Речи Посполитой приняло на себя обязательство прекратить казацкие походы на подвластные османам земли и, более того, вывести казачество из Нижнего Поднепровья. Учитывая наблюдавшийся в то время бурный рост казачества, последнее обещание выглядело откровенно утопически.
В весьма серьезную проблему вылилось даже сокращение реестра с трех до одной тысячи человек, поскольку денег в казне для выплаты обещанной реестровцам платы не было, а шляхта, убедившись в уменьшении угрозы турецкой войны, платить необходимые для ее наполнения налоги отказывалась. Точно так же игнорировались и выданные накануне реестровой старшине нобилитации и земельные пожалования.
В августе 1591 г. Косинский выступает с обращением, призывая казачество силой оружия добиваться справедливости. К концу года ему удается штурмом овладеть Белой Церковью, существенно пополнив при этом запасы оружия и продовольствия. Тем временем стихийное возгорание восстания приводит к тому, что в течение следующего года под контролем восставших оказывается не только Киевщина, где казачество овладело Переяславским и Киевским замками, но и Брацлавщина и даже часть Волыни. В августе князь К. Острожский во главе своих надворных войск безуспешно пытается подавить выступление. Это еще более усиливает позиции восставших, и казацкие порядки внедряются на территории Волыни и северо-западной части Подолья.
Решающую роль в победе над восставшими сыграла шляхта украинских воеводств, возглавляемая киевским воеводой князем К. Острожским. 2 февраля 1593 г. в генеральном сражении под городком Пятка на Волыни казачество потерпело поражение, вынудившее Косинского принять капитуляцию. Впрочем, учитывая тот факт, что победа шляхты не была тотальной, а казачество имело достаточно сил для продолжения сопротивления, акт капитуляции по своему духу был весьма либеральным. Согласно достигнутым договоренностям, восставшие просили прощения у короля и Речи Посполитой за учиненный вред, обещали верно служить монарху и его администраторам, самовольно не ходить в походы на соседние земли, отойти за Днепровские пороги, отчислить из войск всех княжеских слуг, примкнувших к выступлению, а также возвратить прежним хозяевам захваченное имущество и оружие.