Поскольку осажденный город защищался до последнего, то для командира победителей было в порядке вещей дать своим людям три дня на его разграбление. Последовали обычные зверства, обычные резня, четвертование и сажание на кол, обычное осквернение церквей и изнасилования молодых людей обоих полов; необычным был только полный разгул мародерства. Никосия была богатым городом, где было в изобилии сокровищ, церковных и светских, западных и византийских. Потребовалась целая неделя, чтобы все золото и серебро, драгоценные камни и эмалированные раки, украшенные драгоценностями ризы, бархат и парча были погружены на повозки и увезены из города — самая богатая добыча, доставшаяся туркам со времени захвата самого Константинополя более ста лет назад.
Так как он и его армия возвращались на побережье, Мустафа оставил гарнизон из 4000 янычар, чтобы вновь укрепить город. Он все еще ждал, что венецианцы придут на помощь; если бы они пришли, то вполне могли бы попытаться отбить Никосию. Однако тем временем сам он не собирался отказываться от наступления. Уже 11 сентября, два дня спустя после падения Никосии, он послал гонца к командирам Фамагусты с призывом сдаться и с головой Николо Дандоло в чаше, в качестве дополнительного стимула. Настанет и их черед.
Хотя Мустафа-паша едва ли ожидал, что его ультиматум произведет желаемое воздействие и что Фамагуста сдастся без боя, тем не менее он должен был проклинать ее командиров за их упрямство. Даже Никосия причинила ему больше трудностей, чем он рассчитывал; но Фамагуста обещала стать действительно серьезным испытанием. Старые укрепления были снесены в конце предыдущего столетия и заменены совершенно новыми крепостными стенами, в которых соединились все последние достижения военной архитектуры; и сейчас город был, судя по всему, неприступным, насколько это возможно. Правда, за этими грозными стенами было мало защитников: около 8000 человек, по сравнению с турецкой армией, которая вместе с новыми отрядами, прибывающими каждые несколько недель с материка, возможно, к настоящему времени насчитывала немногим меньше тех 200 000 человек, которыми Мустафа похвалялся перед Дандоло. С другой стороны, у защитников были Брагадино и Бальони, два превосходных командира, которых они уже уважали и которых полюбили еще больше во время последовавших суровых испытаний.
Армия и флот, нагруженные награбленными в Никосии сокровищами, прибыли к Фамагусте одновременно 17 сентября, и осада сразу же началась. Благодаря отваге и предприимчивости уже упомянутых двух командиров боевые действия были гораздо более активными, чем в Никосии. Защитники делали частые вылазки за стены и даже иногда устраивали сражение прямо в турецком лагере. Осада длилась всю зиму, венецианцы не показывали ни единого признака слабости; более того, в январе их боевой дух, а также ресурсы значительно выросли, так как прибыло пятнадцать сотен подкрепления, с оружием и боеприпасами, под командованием Марко и Маркантонио Кверини, которым удалось прорваться через ослабевшую турецкую блокаду. В апреле количество запасов продовольствия стало давать повод к беспокойству; но Брагадино достаточно разумно решил проблему, выселив 5000 «лишних ртов» из числа гражданского населения и отправив их искать убежища в соседние деревни. К концу апреля Мустафа изменил тактику, приказав армянским саперам выкопать огромную сеть траншей на юге. Так как численность саперов достигала около 40 000 человек и в дальнейшем был дополнительно использован принудительный труд местных крестьян, работа продвигалась быстро: к середине мая была перекопана вся территория на расстоянии трех миль от стен, рвов было достаточно, чтобы вместить всю осаждающую армию, и они были настолько глубоки, что по ним могли скакать кавалеристы верхом, а наблюдателям со стен Фамагусты были бы видны только верхушки их пик. Также турки построили десять осадных башен, постепенно приближающихся к городу, с которых они могли обстреливать защитников внизу. Оттуда 15 мая начался заключительный обстрел.