Венецианцы сопротивлялись мужественно и решительно. Снова и снова их собственная артиллерия уничтожала целые пролеты турецких осадных башен, но тщетно; несколько сотен солдат принимались за работу, и к утру башни снова были как новые. Неделя тянулась за неделей, и постепенно защитники стали отчаиваться. Надежда на мощную венециано-испанскую подмогу, которая поддерживала их дух на протяжении зимы и весны, вскоре ослабела. Запасы пороха заканчивались; еды оставалось еще меньше. К июлю все лошади, ослы и кошки в городе были съедены; не осталось ничего, кроме хлеба и бобов. Из защитников осталось только 500 человек, которые еще были способны держать в руках оружие, но и они валились с ног от усталости и недосыпа. 29 июля турки начали еще один всеобщий штурм, уже пятый по счету. Христиане сдержали их, но это стоило им потери двух третей защитников убитыми или ранеными. И даже тогда Мустафе не удалось ворваться в город; но той ночью венецианские генералы внимательно осмотрели укрепления и оставшиеся запасы продовольствия и боеприпасов и поняли, что больше не смогут продержаться. Сдавшись добровольно, они еще могли, согласно принятым правилам войны, избежать резни и разграбления, которые в противном случае были бы неизбежны. На рассвете 1 августа над бастионами Фамагусты развевался белый флаг.
Условия мира были на удивление великодушными. Всем итальянцам было позволено отплыть на Крит с поднятыми знаменами, а также всем тем грекам, албанцам или туркам, которые пожелали бы к ним присоединиться. Во время этого путешествия они не должны будут подвергаться нападению турецких кораблей, которые, напротив, предоставят им любую помощь, какая потребуется. Грекам, которые пожелали бы остаться, была гарантирована личная свобода и неприкосновенность собственности, а также предоставлялись два года, чтобы решить, оставаться ли на постоянное жительство или нет; тем из них, которые впоследствии захотят покинуть остров, будет предоставлена охрана до той страны, которую они выберут. Документ, в котором излагались все эти условия, был подписан лично Мустафой и запечатан печатью султана; затем он был отправлен Бальони и Брагадино с сопроводительным письмом, содержащим похвалы их мужеству и отличной защите города.
В течение следующих четырех дней приготовления к уходу из крепости проходили достаточно спокойно. Выло предоставлено продовольствие, и, за исключением нескольких незначительных происшествий, отношения между европейцами и турками были дружелюбными. 5 августа Брагадино послал Мустафе предложение о встрече, чтобы официально вручить ключи от Фамагусты; пришел ответ, что генерал был бы счастлив его принять. Надев пурпурную мантию, соответственно его должности, Брагадино отправился на встречу тем же вечером, в сопровождении Бальони и группы старших офицеров, с эскортом из итальянских, греческих и албанских солдат. Мустафа принял их со всей возможной учтивостью; затем внезапно его лицо омрачилось и поведение изменилось. Со все возрастающей яростью он начал бросать беспочвенные обвинения христианам, стоящим перед ним. Он кричал, что они убивали турецких пленников, что они утаили военное снаряжение, вместо того чтобы передать его туркам согласно условиям капитуляции. Внезапно Мустафа выхватил кинжал и отсек Брагадино правое ухо, приказав слуге отрезать другое ухо и нос. Затем, повернувшись к своей охране, он приказал им казнить всю прибывшую группу христиан. Асторре Бальони и командующий артиллерией Луиджи Мартиненьо были обезглавлены. Одному или двум удалось спастись; но большинство было зверски убито, вместе с несколькими другими христианами, которым не посчастливилось оказаться в пределах досягаемости. В конце концов головы всех тех, кто был убит, были свалены в кучу перед шатром Мустафы. Говорили, их было всего 350.
Теперь, когда резня началась, ее было очень трудно остановить. Сам Мустафа, к которому, по-видимому, наконец снова вернулось самообладание, под страхом смерти запретил своим воющим от ярости солдатам входить в Фамагусту. Многие, однако, не подчинились его приказам и бешено промчались по городу, убивая всех на своем пути, поджигая и грабя, объятые безумной жаждой крови. Другие направились в порт, где нашли множество жертв среди христиан, которые готовились отплыть на запад.