В начале XVII в. такое суждение разделял целый ряд интеллектуалов, ставших гостями города в лагуне. Это, впрочем, не означает, что город превратился в оплот ереси. В самом деле, в 1605 г. Ботеро, политический писатель из Пьемонта, заявлял, что «нет другого такого места, где бы церкви и проповеди посещались столь усердно, священнослужители были бы столь почитаемы, религиозный культ имел бы столь достойное отправление, а церковные праздники отмечались бы с такой пышностью». Но хотя Венеция не ставит под сомнение следование римской доктрине, она ревностно отстаивает свою юрисдикцию над собственным духовенством. Поэтому она неизбежно вступает в конфликт с папской властью, названный «войной интердиктов»; этот поединок приковал к себе внимание всей Европы. Несгибаемый защитник папской власти, Павел V в 1605 г. изъявляет желание призвать в Рим и устроить экзамен новому патриарху Венеции, назначенному Сенатом. В тот же год Совет десяти принимает суровые меры против двух венецианских клириков, повинных в тяжких преступлениях, и отказывается передать виновных церковным властям. Вследствие этого папа налагает на Республику интердикт. В мае 1606 г. следует ответный шаг: папское послание объявлено не имевшим места, а священникам приказано продолжать совершать таинства. Чтобы не подчиняться такому приказу, некоторые ордена — в том числе и иезуиты — предпочли покинуть Республику.
Вдохновителем «протеста» Светлейшей явился сервит Паоло Сарпи, назначенный в январе 1606 г. экспертом Республики по делам религии. Представляя венецианскую сторону, он поддерживает позицию, согласно которой «государи по божественному промыслу, изменить который не может никакая людская власть, призваны устанавливать мирские законы на территории, им подвластной, и в пределах их юрисдикции». Римская же сторона придерживается тезиса об абсолютной власти папы, который вправе и диктовать государствам мирские законы, и — следовательно — отменять их. «Война посланий», начавшаяся между двумя столицами, набирала обороты.
В Европе никто не хотел доводить дело до вооруженного конфликта. Инициатором переговоров в лице кардинала Жуайёза становится Франция. Формально Венеция сохраняет свои прерогативы. Папа соглашается не использовать более интердикт как средство государственного давления. И хотя это проявление независимости Венеции было названо «лебединой песней» Республики (Бенцони), тем не менее оно снискало ей восхищение многих политических мыслителей и интеллектуалов того времени, равно как и яростную ненависть папистов. И все же неортодоксально мыслящие личности постепенно покидают город…
В делах светских Венеция первой половины XVII в. также сталкивается с многочисленными трудностями. Притязания Габсбургов вынуждают ее принять меры по обеспечению своей безопасности. В 1616–17 гг. на границах Фриуля ей противостоят австрийцы. Изматывающий, но, в сущности, безрезультатный конфликт, названный «войной Градиска» (что примерно означает «война в кружевах»), завершается в 1617 г. благодаря посредничеству испанцев. В 1623 г. Республика заключает союз с Францией и Савойей против Испании, чтобы защитить долину Вальтеллина, через которую проходит важный торговый путь в Центральную Европу. Когда начинается борьба за наследие герцогов Мантуанских, 8 апреля 1629 г. Венеция вместе с Францией, Папской областью и Мантуей создают антиимперскую лигу. 25 мая 1630 г. венецианская армия потерпела поражение, а проведитор позорно бежал с поля боя. Однако этот единичный печальный факт только подчеркивает очевидную несопоставимость венецианской континентальной армии с армиями крупных европейских держав. С этого времени в своей европейской политике Светлейшая начинает открыто руководствоваться принципами нейтралитета.
Больше всего осложнений Венеция испытывает на море. В XVII в. война с корсарами становится одной из основных составляющих средиземноморской торговли, своего рода ее «ведущей отраслью» (Тененти). Берберские, английские и голландские корсары, мальтийские рыцари и спавяне-ускоки с хорватского побережья яростно нападают на корабли, захватывая не только товары, но и людей, чтобы продать их работорговцам.
Особенно крупные неприятности причиняют венецианцам легкие и быстрые пиратские корабли ускоков, которых втайне поддерживали Габсбурги. Согласно мирному договору, подписанному в Париже после «войны Градиска», австрийцы взяли на себя обязательство положить пиратству конец. Подобное условие свидетельствует об утрате венецианским флотом своего былого могущества. «Венеция больше не в состоянии вести войну», — пишет в 1617 г. один из учеников Сарпи.