Феодальные бунты конца XI—XII вв., охватывавшие провинцию, также были непохожими на мятежи феодальной знати предшествующего периода. Если Исаак Комнин, Никифор Мелиссин и другие мятежники третьей четверти XI в. имели обычно в виду императорский престол, то провинциальная феодальная знать в правление Комнинов стремилась преимущественно к обособлению от империи, к политической децентрализации. Особенно заметной такая тенденция к независимости была в Трапезунде, где Феодор Гавра практическисоздал независимое княжение. Стремясь в какой-то мере контролировать трапезундского правителя, Алексей I потребовал, чтобы сын Феодора Григорий Гавра жил при византийском дворе; Алексей даже рассчитывал женить его на своей племяннице, но Григорий избрал себе другую супругу — аланскую принцессу (что, видимо, было связано с кавказской ориентацией Трапезунда). Пользуясь поддержкой константинопольской знати, Григорий рассчитывал бежать к отцу, но был выдан, и заговорщиков заключили в крепость.
По-видимому, Алексею удалось подчинить Трапезунд. Во всяком случае в начале XII в. туда был послан наместником Григорий Таронит. Однако и этот правитель вскоре отложился от империи, но был арестован. При Иоанне II Трапезунд надолго становится независимым: в 1126 г. город перешел в руки представителя рода Гавров — Константина, о политике которого кое-какие сведения сохранила написанная Продромом монодия трапезундскому митрополиту Стефану Скилице. По словам Продрома, Гавра поработил город, превратил церковь в кладбище и, присвоив церковные доходы, раздавал стратиотам то, что принадлежало священникам60. Хотя слова Продрома риторичны, они позволяют предположить, что социальной основой власти Константина Гавры были местные феодалы-стратиоты и что приход Гавры к власти ознаменовался раздачами церковных имуществ в харистикий. Власть Константина Гавры продержалась до 1140 г.
Попытки добиться независимости предпринимались и в других областях империи. При Алексее I восстанием были охвачены Крит и Кипр, но императору удалось довольно быстро справиться с мятежниками. По-видимому, такой же характер носил и мятеж Михаила Амастрийца, который захватил крепость Акрун и в течение трех месяцев отстаивал ее от императорских войск.
Алексею пришлось бороться с многочисленными феодальными мятежами: недаром его дочь пишет,
что его больше беспокоили внутренние, чем внешние, враги61. Но в этой борьбе Комнины вышли победителями, и при преемниках Алексея мятежи феодальной знати вспыхивают сравнительно редко. Зато все чаще разворачивается борьба за власть внутри самого господствующего клана. Уже при Алексее проявились первые признаки этого опасного соперничества. Племянник императора Иоанн, сын севастократора Исаака, занимавший пост дуки Диррахия, задумал отложиться, о чем заблаговременно узнали в Константинополе. Конфликт не имел серьезных последствий: Алексей простил своего родственника. Гораздо более драматические события развернулись позднее, у постели умирающего Алексея и некоторое время спустя после его смерти.
У Алексея было семеро детей: трое сыновей (Иоанн, Андроник и Исаак) и четверо дочерей, старшая изкоторых, знаменитая писательница Анна, родилась намного раньше Иоанна и в течение долгого времени росла наследницей престола; она была даже обручена с Константином Дукой, номинальным соправителем Алексея (см. о нем выше, стр. 293). Рождение Иоанна, а затем ранняя смерть жениха, казалось бы, должны были вовсе лишить честолюбивую Анну надежд на престол, но ее мать, императрица Ирина, не любила своего старшего сына и отдавала все симпатии дочери и ее мужу, кесарю Никифору Вриеннию младшему. Она неоднократно требовала от Алексея, чтобы тот избрал своим наследником не сына, а зятя.
В начале 1118 г. Алексей тяжело заболел. Обе женщины неусыпно следили за ним, рассчитывая в нужный момент добиться провозглашения императором Никифора. Но перед самой кончиной Алексей, воспользовавшись отсутствием жены, настоял, чтобы к нему ввели Иоанна; он вручил сыну перстень и приказал короноваться, не теряя времени. Покинув умирающего отца, Иоанн поспешил в церковь св. Софии, где в присутствии небольшой кучки сторонников патриарх возложил на него корону. На этот раз ставка Вриенния была бита. Но не прошло и года, как сторонники Анны еще раз попытались возвести на престол ее мужа. Заговор не удался, и, хотя его участники отделались временной конфискацией имущества, Анна попала в немилость и должна была удалиться от двора.
Брат Иоанна II, севастократор Исаак, также доставил императору немало хлопот. Он бежал из Византии, жил среди различных народов, в том числе у сельджуков, которых возбуждал к войне с империей. Его попытки остались безуспешными, и в конце правления своего брата Исаак вернулся на родину. И в царствование Мануила о Исаак не отказался от надежды захватить власть, однако не добился успеха.