Константинопольская знать не оставляла грабительских методов эксплуатации богатств Египта и предприняла попытку утвердить свое положение в Александрии, вступив в союз с монофиситами; был издан указ («сакра») об отмене решений Халкидонского собора. Все низвергнутые и сосланные епископы-монофиситы были восстановлены в правах. Однако против этой политики восстал патриарх Акакий (472–489), который настроил против Василиска городские массы. Василиск лишил константинопольского патриарха церковных прав на Малую Азию и возвысил Эфесского митрополита. Это еще более взволновало константинопольцев. Вспыхнуло восстание. Весь город был охвачен огнем. В пожаре погибли многие прекрасные произведения искусства классической древности — Афродита Книдская и другие статуи. Сгорела масса рукописей. Испуганный Василиск понял безнадежность своей политики в Константинополе и отменил «сакру». Но было уже поздно. Войска Зинона заняли город (август 476 г.). Партия прасинов бурно приветствовала возвращение императора. Религиозная распря с монофиситами временно заставила константинопольцев примириться с исаврийцами. Как раз в это время на Западе потерял престол последний западноримский император Ромул Августул. Византия, раздираемая внутренними смутами, не приняла участия в судьбе Западной Римской империи.
Несмотря на победу, положение исаврийцев в столице не было прочным. Произвол, коррупция и налоговый гнет возбуждали народ. Его недовольством снова решила воспользоваться родовитая константинопольская знать. Представитель знатной константинопольской семьи — Маркиан, женатый на младшей дочери Верины, организовал заговор. В 479 г. сторонники Мартиана неожиданно напали на правительственные учреждения; население Константинополя немедленно присоединилось к восстанию; исаврийских экскувитов избивали, народ бросал в них камни с крыш домов. Дворец был взят, Зиноя бежал. Население Константинополя праздновало победу. Но за ночь исаврийцы собрались с силами и сумели арестовать заговорщиков. Маркиан скрылся и некоторое время предводительствовал отрядом повстанцев в провинции, надеясь утвердиться в Малой Азии. Однако эта попытка не удалась. Время для Константинополя было крайне опасным, так как с запада городу снова угрожали остготы.
Постоянные смуты в Александрии и Антиохии, особенно в тяжелые годы внешней опасности, когда под Константинополем стояли германцы, привели Зинона и патриарха Акакия к решению примирить враждующие церкви. В 482 г. они издали Энотикон («Объединение»). Компромиссными формулировками, которые казались бы приемлемыми для обеих сторон, Зинон хотел прекратить церковную вражду. Ряд ставленников императора из обоих лагерей признал Энотикон, но борьба не прекратилась. Суть споров заключалась отнюдь не в догматах. Народные движения только по форме были религиозными. Энотикон не удовлетворил ни ту, ни другую сторону. Особенно энергично протестовал римский папа. Зинон и патриарх Акакий прибегли к насилию. Восставшие против Энотикона монахи были казнены, а с римским престолом произошел полный разрыв, продолжавшийся 34 года (484–518).
Правительство было обеспокоено активностью монашества и его связями с массами. Принимались меры к закреплению монахов за монастырями, которые таким образом превращались в хозяйственные учреждения с неотчуждаемыми владениями. Иначе говоря, делались попытки оторвать монашество от масс, включив монахов в ряды господствующего класса. Рабам и энапографам запрещалось вступать в монастыри.
Исаврия находилась при Зиноне в особом положении: исаврийцы становились военным сословием, связанным с землей. Их предводители стремились превратить свое традиционное влияние, вытекавшее из их положения как родоплеменных вождей в нечто большее — в устойчивую политическую власть. Исаврийцы ежегодно получали в качестве «даров» (
Обострялась обстановка и в Палестине. Здесь происходили выступления греческого городского населения. Они носили реакционный характер: греки стремились сохранить свое привилегированное положение и инспирировали нападения на евреев и самаритян.