Алексей V бежал, но вскоре был схвачен и казнен. На престол был возведен латинский император Балдуин Фландрский. Земли Византии разделили между собой победители; Венеция получила все те территории и приморские области, которых она добивалась. Грецию поделили между несколькими правителями. Ахейское княжество (Морея) и герцогство Архипелага стали вассалами константинопольской Латинской империи, королевству Салоники подчинялись теперь правители Афин и Фив, в то время как графство Кефалония (которое вместе с островами Итака и Занте с 1194 г. находилось под управлением Италии) номинально подчинялось Венеции, хотя на деле являлось автономным, а с 1214 г. признало своим верховным правителем князя Ахейи. Правитель Эвбеи (Негропонта) считался вассалом Салоник и Венеции.
И все же Византия после этого не перестала существовать. Напротив, невзирая на потерю существенной части территории, появились даже новые претенденты на престол. В западной части Балкан с центром в северо-западной Греции образовалось независимое княжество, Эпирская деспотия, просуществовавшее до XV в., во главе с представителями одной из ветвей династии Ангелов. В центральном и восточном Понте возникла более или менее независимая Трапезундская империя, которой правили Комнины. В западной части Малой Азии, где благородный Константин Ласкарис сохранял контроль над существенной частью бывшей византийской территории, возникла Никейская империя с центром в Никее. Императором ее был объявлен брат Константина Ласкариса — Феодор, как зять Алексея III обладавший некоторой легитимностью. Помимо этих «легитимных» территорий болгарский царь Калоян создал на Балканах государство, не уступавшее могуществом царству Симеона в X в. В 1205 г. Калоян разгромил и пленил латинского императора, а 1230-х гг. болгары угрожали привести византийский Эпир в вассальную зависимость от Болгарского царства.
У Латинской империи, по сути дела, не было будущего. Правители Эпира пытались с помощью германского императора Фридриха II и сицилийского короля Манфреда установить равновесие сил на Балканах, чтобы впоследствии вернуть Константинополь. С другой стороны, никейским императорам удалось заключить союз с Генуей, таким образом создав противовес морскому владычеству Венеции. В 1240–1250-х гг. они сумели расширить свою территорию в Европе, за сим последовало возвращение некоторых удерживавшихся франкскими правителями земель, хотя в 1248 г. Монемвасия была вынуждена на какое-то время подчиниться франкам. К концу XIII в. часть Центральной Греции вновь стала византийской: провизантийское княжество Морея контролировало значительную часть центрального и юго-восточного Пелопоннеса. Однако на севере продолжало существовать независимое княжество Ахейя. В самой Малой Азии политика умиротворения сельджуков позволила временно стабилизировать границы. В 1261 г., когда большая часть латинских войск отправились из Константинополя в военный поход, небольшое войско никейцев вошло в город и отвоевало его, изгнав оставшиеся войска противника и чужеземное население. Константинополь снова стал столицей Византийской империи.