Такого рода противоречия особенно проявлялись, когда императоры прямо вмешивались в вопросы теологии или издавали законы, касавшиеся церкви. Многие императоры сами проявляли большие способности к теологии, но отстаиваемые ими идеи или интересы не всегда соответствовали идеям и интересам церкви. Известно немало конфликтов между высшим духовенством и императорами. В качестве примеров можно назвать столкновение между Юстинианом I и папой Вигилием, борьбу между Константом II и его официальной монофелитской политикой и церковной и монашеской оппозицией во главе с Максимом Исповедником в середине VII в.; конфликт между патриархом Германом и императором Львом III (предположительно связанный с иконоборчеством, однако, скорее всего, имевший в своей основе вопросы церковной юрисдикции); конфликт между Константином VI и патриархом Тарасием из-за повторного брака императора, аналогичный конфликт Льва VI с патриархом Николаем I; напряженность во взаимоотношениях между императором Исааком I и патриархом Керуларием; борьбу между сторонниками и противниками исихазма и объединения православной и католической церквей в XIV–XV вв. Победителями в этих конфликтах могли быть как императоры, так и патриархи. Наряду с прочими факторами, это определялось прочностью положения и силой характера этих двух главных лиц империи.
Завоевание арабами восточных византийских провинций в VII в. сняло на время одну из самых сложных политико-теологических проблем, существовавших в империи: проблему противоречий и враждебности между христианами — противниками монофизитства и монофизитами Сирии и Египта (см. об этом в главе 1). Было не вполне ясно, как в этих обстоятельствах станет развиваться имперская церковь, поскольку в некоторых случаях императоры или императрицы тайно или явно поддерживали монофизитство (самый известный случай — когда при Юстиниане императрица Феодора оказывала значительную финансовую поддержку монофизитам в Сирии). Однако с середины VII в. теологические противоречия перестали расстраивать церковную жизнь, вплоть до начала проведения императорами политики иконоборчества.
Ереси и иноверия были двумя проблемами, с которыми император и духовенство сталкивались постоянно. Географическое и культурное многообразие, свойственное Византии, создавало благоприятные условия для того и другого, и время от времени рост того или иного из этих течений создавал угрозу для государства. Церковь вела борьбу с ересями и иноверием, а также с причинами, им способствующими (отсутствие приходов и надлежащей церковной организации в отдаленных провинциях, недостаточная образованность низшего духовенства, богословское невежество населения и т. д.). Но главными объектами были крупные ереси, и в этой борьбе всегда участвовало государство, поскольку защита православия являлась обязанностью императоров. Самый яркий пример — борьба с ересью павликианства в Малой Азии. Павликианство, названное так по имени одного из его основателей — Павла Самосатского, представляло собой эклектическую смесь дуализма и неоманихейства, существовало по крайней мере с VII в. (если не ранее), но только в IX в., когда оно приобрело большую популярность и влияние, правительство обратило внимание на эту ересь и стало преследовать ее. В результате павликиане создали собственное войско под руководством нескольких профессиональных военных и заключили союз с Арабским халифатом в 870 г., что привело к большой войне, которая закончилась их разгромом. Но политика переселения большого количества людей из Анатолии на Балканы, проводившаяся правительством с целью заселения малонаселенных районов, привела к тому, что многие люди, разделявшие взгляды павликиан, попали на Балканы, прежде всего в Болгарию, и это способствовало формированию там в X–XI столетиях новой ереси — так называемого богомильства, которое имело много общего с павликианством, и прежде всего — дуалистическое мировоззрение. Несмотря на жесткие преследования со стороны императоров, прежде всего Алексея I, богомильство распространялось на Балканах и нашло приверженцев в Малой Азии. Оно оказало также большое влияние на развитие ереси катаров на юге Франции.