Во взаимоотношениях императоров и патриархов наиболее полно выразилась возможность взаимосвязи духовной и светской власти, характерная для Византии. Редко кому удавалось стать патриархом или пребывать долго в этом звании без поддержки императора. В VI–XV столетиях около 30 % патриархов были вынуждены уйти или были низложены из-за конфликтов с императорами. Но в целом позиции патриархов были достаточно прочными. При императорском дворе они проводили коронации, заупокойные службы, крестины в семьях самих императоров и их родственников. Само положение патриархов как первосвященников давало им возможность влиять на общественное мнение в пользу или не в пользу того или иного императора. Поэтому серьезные противоречия между императорами и патриархами могли вызвать крупные политические конфликты в империи. Оттого так важно было согласие между ними.
Императоры, считавшиеся защитниками православия, выделяли большие суммы на строительство церквей и создание монастырей и нередко хорошо разбирались даже в сложных богословских вопросах. Но их вторжения в область теологии могли порождать трения с патриархами и даже вызывать внутрицерковные противоречия. Например, в 543 г. Юстиниан, как уже говорилось выше, издал эдикт, осуждавший пронесторианские тексты трех теологов (Федора Мопсуэстского, Феодора Кирхского и Ибата Эдесского), надеясь таким образом успокоить монофизитов. Папа Римский Вигилий признал этот эдикт, но западное духовенство решительно воспротивилось ему. В 533 г. на вселенском соборе в Константинополе, где преобладали представители западной церкви, были осуждены и «три сочинения», и сам папа. В конфликтах духовной и светской власти вторая чаще одерживала победу в текущем времени, а первая — в более долгосрочной перспективе. Например, в 640-х гг. император Констант II, сторонник монофелитов (см. гл. 2), арестовал и отдал под следствие папу Мартина и главного противника монофелитов Максима, но не по церковным обвинениям, а по обвинениям в потворстве мятежникам или внешним врагам. По данным источников, исходящих от сторонников Максима, императора в действительности интересовало прежде всего подчинение обвиняемых его воле во внутрицерковном конфликте. Правительству удалось тогда лишить церковную оппозицию лидеров, но это вызвало новый конфликт с западной церковью. Единство было восстановлено лишь после кончины Константа, когда в 680 г. его сын Константин IV на вселенском соборе в Константинополе приветствовал осуждение монофелитства. Его приверженцы впоследствии оставались лишь в Ливане, где существуют поныне под именем христиан-маронитов.
Такая же ситуация, но в гораздо более острой форме, родилась в период иконоборчества. По не вполне ясным причинам в 720-х гг. император Лев III наложил запрет на публичное почитание икон. Это вызвало противодействие среди части духовенства, что и привело к уходу в 730 г. патриарха Германа, и к назначению ряда патриархов Львом III и его сыном Константином V за их готовность проводить линию императорского двора. Впоследствии императрица Ирина отказалась от политики иконоборчества с помощью своего ставленника патриарха Тарасия, собравшего в 787 г. в Никее вселенский собор. В 815 г. император Лев V вернулся к политике иконоборчества, и снова это было сделано с помощью патриарха, назначенного императором. Однако эта политика не нашла поддержки внутри церкви и страны, и в 840-х гг. императоры отказались от нее окончательно.
Во время чисто политических конфликтов императорам удавалось более легко добиться успеха. В 867 г. император Василий низложил ученого патриарха Фотия, поскольку его деятельность вызывала противодействие Рима и значительной части византийского духовенства. После ухода из жизни его соперника, патриарха Игнатия, Фотий был избран вновь, но в 886 г. его снова низложил император Лев VI, поскольку Фотий стал развивать теорию, согласно которой власть патриарха должна была стоять выше власти императора, что являлось прямым вызовом правителям империи. В XI столетии патриарх Михаил был низложен императором Исааком I (которому помог взойти на трон), после того как Михаил стал проводить слишком независимую политику. Та же участь постигла в 1282 г. высоко одаренного патриарха Иоанна, крупного дипломата и церковного политика, после кончины его покровителя Михаила VIII, поскольку этот патриарх выступал за союз с западной церковью, не принятый тогда властью.