Монастыри также играли значительную роль в жизни страны. Из монахов вышло большинство епископов, получавших таким образом высший духовный авторитет. Если низшее духовенство, как правило, имело семьи, то сан епископа предполагал безбрачие и одиночество. Но функции и уклад жизни у епископов и монахов в монастырях были очень разными. Византийское монашество предполагает образ жизни, альтернативный как жизни белого духовенства, так и жизни в миру. Зарождение монашества в Египте конца III в., в Палестине и Сирии в течение IV столетия было обусловлено конкретной ситуацией, однако оно быстро приобрело универсальное значение для позднеримского мира, испытав резкое укрепление своих позиций в период до VI в. Несмотря на попытки государства и церковных властей установить контроль над монастырями, в особенности после Халкедонского собора 451 г. и на основе законодательства Юстиниана, присущие монашеству антиавторитаризм и склонность к духовной утопии оставались источником их относительной независимости.
Монахи, и особенно более самостоятельные отшельники, пустынники, старцы, которые жили отдельно от людей и часто специально селились в пустынных и заброшенных районах, благодаря своему образу жизни нередко пользовались духовно-нравственным авторитетом, которого не имело обычное духовенство. Но это, конечно, не значит, что монастыри игнорировали светскую жизнь, или что все подобные люди действительно пользовались авторитетом и были искренними. В источниках иногда попадаются упоминания о таких «старцах», которые скорее напоминали колдунов и заклинателей, чем монахов и борцов за веру. Были упоминания и о тех, чей духовный авторитет безусловно признавался авторами житийной литературы, и о таких, которые пользовались славой магов и знахарей. На самом деле существовал как бы диапазон духовной практики таких людей — от искренне преданных христианской вере отшельников и отшельниц, достигавших своим подвижничеством известной меры святости и духовного авторитета, до людей, не способных достичь этой степени совершенства, а потому практиковавших более или менее безвредные формы магии и целительства. Однако некоторые из наиболее прославленных византийских подвижников подчас занимались полумагическими действиями, как например, живший в VIII–IX вв. Иоанникий, о котором биограф невинно сообщает, что тот имел власть над дикими зверями, которые следовали за ним и слушались его, что явно противоречит некоторым канонам церкви. Известны и другие примеры.
Монастыри, как и церковь, имели земельную или иную собственность. Часть из них владела обширными имениями. Епископы имели право контроля над монастырями, и для создания монастырей требовалось согласие местного епископа, что подчас служило источником конфликтов между церковными властями и монашеством. Каждый монастырь должен был платить местной епархии особый налог, носивший название каноникон. Выборы настоятелей и их посвящение в сан также находились в ведении епископов, и нередко эти выборы, как и порядок уплаты налогов, также служили источником разногласий. К монастырям проявляли интерес и оказывали им помощь представители всех сословий, от императоров до простых крестьян. Миряне часто делали имущественные вклады в монастыри ради спасения своей души, за которую монахи обязаны были молиться. В ряде случаев миряне удалялись в монастыри на покой, устав от мирской жизни. Нередко так поступали военные, в том числе высшие офицеры в конце своей карьеры, отчасти, возможно, потому, что деятельность их была связана с лишением людей жизни. Иногда они сами основывали монастыри, чтобы стать их настоятелями. Вообще уход в монастырь в Византии был распространенным способом «ухода в отставку».