О судьбе Иоанна по смерти Феофила Генесий сообщает следующее: «Когда члены регентства согласились между собой относительно восстановления православия, царица Феодора позволила православным собираться во дворце канцлера для предварительного обсуждения вопроса и подготовки материала к предположенному собору». Нет никакого сомнения, что в этих собраниях не принимал участия патриарх. Таким образом, когда предварительная комиссия пришла к решению возвратиться к постановлениям VII Вселенского собора, неминуемо должен был выступить на очередь вопрос о главе Церкви, о председателе будущего собора. «Итак, — продолжает историк, — посылают к нему знатных людей, начальствующих царскою стражей, чтобы удалить его из патриархии, но он не сдавался. Хотя они пытались (силой?) низвести его, но он коварно заставил их уступить и оставить его. Дают об этом знать пославшим и возбуждают большое против него раздражение. Итак, отправляется к нему патрикий Варда спросить, почему он не оставляет патриархию. А он, измыслив оправдание, показал свой живот, исколотый оружием, и объяснил, что эти раны нанесли ему посланные язычники. “Чувствуя сильную боль, я, — продолжал он, — просил извинения, что не могу сейчас же оставить патриархию, пострадал же я особенно от Константина армянина, начальника тагмы экскувитов”». Сказав далее несколько теплых слов в защиту своего отца, Генесий продолжает: «Когда было раскрыто, что эта театральная сцена измышлена с злым намерением, остроумный расследователь возгорел гневом, почему он по заслугам лишился церковной власти, а тому, кого он оклеветал, способствовал получить торжественно похвалу».
Процесс против патриарха Иоанна в приведенном свидетельстве Генесия возбуждает против себя важные сомнения. Очевидно, писатель желает оправдать начальника тагмы экскувитов и потому передает все дело с некоторыми умолчаниями. Из предыдущего легко понять, что желательно было скрыть Генесию. Очевидно, ему неприятно было констатировать факт, что отец его очень сурово обошелся с патриархом и нанес ему раны. Было ли что подобное и получил ли Константин инструкции, которые его уполномочивали силой взять патриарха и употребить против него оружие, если бы он стал сопротивляться, конечно, трудно высказаться об этом со всею решительностью. Но в источниках есть достаточный намек, позволяющий восстановить этот эпизод в неблагоприятном смысле для отца нашего писателя.